在 PBS-job 上设置 umask

Question

在编写 Perl 脚本以提交 PBS 作业的过程中，我注意到输出文件仅供所有者使用（rw-------）。经过一番研究，我发现您可以将#PBS -W umask=002 放在作业脚本中，以便其他人可以访问。

Perl：

my $client = PBS::Client->new();

my $wd    = $dir_temp;
my $name  = "demultiplex";
my $queue = "default";
my $wallt = "72:00:00";
my $job_demultiplex = PBS::Client::Job -> new(
    wd    => $wd,
    queue => $queue,
    name  => $name,
    wallt => $wallt,
    cmd   => "perl ".$script_directory."demultiplex.pl ".$dir_in." 2>"."demultiplex_error.log 1>"."demultiplex_output.log"
);

此 Perlscript 创建以下作业：

#!/bin/sh

#PBS -N demultiplex
#PBS -d /store/www/labresults_QC/small_rna_sequence_analyser/data/data_temp/BGI_pilot
#PBS -q default
#PBS -l nodes=1
#PBS -l walltime=72:00:00
#PBS -W umask=002                 <---

perl /store/www/labresults_QC/small_rna_sequence_analyser/scripts/demultiplex.pl /store/www/labresults_QC/small_rna_sequence_analyser/data/data_input/BGI_pilot 2>demultiplex_error.log 1>demultiplex_output.log

是否有可能将指示的行 (<---) 从 Perlscript 传递给作业？

Answer 1

鉴于current codebase，没有。您必须打开 bug report 到 PBS::Client 模块并请求该功能。附带一个补丁 - 这可能会有所帮助。