当有行名时，write.table 将不需要的前导空列写入标题答案

【问题标题】：write.table writes unwanted leading empty column to header when has rownames当有行名时，write.table 将不需要的前导空列写入标题
【发布时间】：2011-01-29 12:26:43
【问题描述】：

检查这个例子：

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

表格显示正确。有两种不同的方式将其写入文件...

write.csv(a, 'a.csv') 符合预期：

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

还有write.table(a, 'a.txt')搞砸了

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

确实，缺少一个空选项卡.... 这对于下游的事情来说是一件很痛苦的事情。这是错误还是功能？有解决方法吗？（write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE除外）

干杯，亚尼克

【问题讨论】：

标签： r export-to-csv write.table

【解决方案1】：

引用?write.table，CSV 文件部分：

默认情况下没有列名一列行名。如果col.names = NA 和row.names = TRUE 为空白添加列名，即用于 CSV 文件的约定是通过电子表格读取。

所以你必须这样做

write.table(a, 'a.txt', col.names=NA)

你得到

"" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

【讨论】：

@Marek，是否可以在 rownames 列中添加名称？即，代替“”，添加“ID”或类似的东西？
@Dnaiel 据我所知你不能。您可以将行名称与数据绑定并给它们命名（就像问题一样）。
@rusalkaguy 您的编辑毫无意义。这个“扩展”是原始问题（“解决方法”）
如何让每列中的数字在列名下对齐？
@rrs 你的意思是固定宽度格式？看write.fwf from gdata package。并提出新问题而不是评论。为什么你需要它？！

【解决方案2】：

对@Marek 非常有用的答案稍作修改将在行名列中添加一个标题：临时将行名添加为 data.frame 中的第一列，然后写入，忽略真正的行名。

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> write.table(data.frame("H"=rownames(a),a),"a.txt", row.names=FALSE)

你得到

"H" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

【讨论】：

我认为您应该编辑 Marek 的答案以包含此内容。

【解决方案3】：

对于在tidyverse（dplyr 等）中工作的任何人，tibble 包中的rownames_to_column() 函数可用于轻松地将 row.names 转换为列，例如：

library('tibble')
a = as.data.frame(matrix(1:9, nrow=3, ncol=3, 
                  dimnames=list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])))

a %>% rownames_to_column('my_id')

  my_id A B C
1     A 1 4 7
2     B 2 5 8
3     C 3 6 9

将其与write.table() 中的row.names=FALSE 选项结合使用会生成带有所有列标题名称的输出。

【讨论】：

【解决方案4】：

对于那些在使用write.table() 保存矩阵时遇到同样问题并希望保留 row.names 列的人，实际上有一个非常简单的解决方案：

 write.table(matrix,file="file.csv",quote=F,sep=";", row.names=T
             col.names=c("row_name_col;val1_col","val2_col"))

这样做基本上是在欺骗write.table 函数为row.names 列创建标题标签。生成的 .csv 文件如下所示：

row_name_col;val1_col;val2_col
row1;1;4 
row2;2;5 
row3;3;6

【讨论】：

我正在尝试 col.names = c("row_name",colnames(matrix)) 并收到一条错误消息，指出“col.names”规范无效。知道有什么问题吗？ c("row_name",colnames(matrix)) 给出正确的文本。
write.table 期望一个长度为 ncol(matrix) 的标题，而您又给了它一个。我尝试了上面的解决方案，它不起作用，最好是像其他解决方案一样将行名移动为列

【解决方案5】：

我从@mnel 修改了一个简单的函数，它通过使用连接来增加灵活性。这是函数：

my.write <- function(x, file, header, f = write.csv, ...){
# create and open the file connection
datafile <- file(file, open = 'wt')
# close on exit 
on.exit(close(datafile))
# if a header is defined, write it to the file (@CarlWitthoft's suggestion)
if(!missing(header)) {
writeLines(header,con=datafile, sep='\t')
writeLines('', con=datafile, sep='\n')
}
# write the file using the defined function and required addition arguments  
f(x, datafile,...)
}

您可以指定函数为'write.table'、'write.csv'、'write.delim'等

干杯！

【讨论】：