无法将 mothur 树导入 R答案

【问题标题】：unable to import a mothur tree into R无法将 mothur 树导入 R
【发布时间】：2015-02-10 19:12:26
【问题描述】：

我用 mothur 建了一棵树，它生成了一个 newick 格式的文件这是树文件：

(((X32:0.077342,(X13:0.030507,X5:0.032193):0.081108):0.009719,((((((((((X7:0.011658,X16:0.020922):0.004990,X9:0.011395):0.026780,X23:0.044775):0.091180,X100:0.154611):0.041705,((((X8:0.020255,X42:0.008695):0.029872,(X19:0.025754,X61:0.020516):0.036208):0.084498,X218:0.111857):0.022793,X239:0.176169):0.011033):0.063911,(X18:0.070163,X146:0.072237):0.050456):0.014607,(X24:0.065513,X78:0.067187):0.052101):0.010160,X25:0.105835):0.011914,X45:0.130995):0.009387,((X10:0.021955,(X4:0.016382,X1236:0.016838):0.004625):0.036976,X128:0.056704):0.033204):0.006892),(((X6:0.020583,X11:0.012977):0.062459,(X1:0.030791,X22:0.025639):0.033446):0.009294,(X49:0.049533,X3:0.048877):0.011889):0.010353);

当我尝试使用 import_mothur {phyloseq} 将其导入 R 时，它给了我错误

Error in `taxa_names<-`(`*tmp*`, value = c("X32", "X13", "X5", "X7", "X16",  : 
  taxa_names<-: You are attempting to assign duplicated taxa_names

我查看了这个树文件，找不到任何重复的名称。我在 mothur 中使用了不同的数据集（序列数据），但使用了相同的方法，这很有效。我只是不明白这个文件有什么问题？

谢谢！！！！

【问题讨论】：

标签： r import tree mothur

【解决方案1】：

我自己也遇到了这个错误。对我有用的解决方案是使用 phytools 包中的 read.newick() 命令将树文件读入 R。从那里您可以使用 phy_tree() 和 merge_phyloseq 将树导入 phyloseq。由于某种原因，ape 中的 read.tree 命令不喜欢清晰格式化的 newick 文件。

xtree <- read.newick("test.tree") phy_xtree <- phy_tree(xtree) # Constructor for phy_tree object physeq_merged <- merge_phyloseq(physeq, phy_xtree) # Merge tree into phyloseq object

【讨论】：

【解决方案2】：

该文件实际上是由read.tree 从ape 包中读取的。由于某种原因，它不喜欢这个文件的格式。我承认我不熟悉这种文件格式，但如果你用

xtree <- read.tree("test.tree")
plot(xtree)

您看到有一些未命名的提示。这些是造成问题的原因。 read.table 函数将这些分配给 NODE 值而不是 TIP 值。您可以“修复”树并获得与 import_mothur 相同的结果

xtree$tip.label[c(26,28,30)]<-paste0("X", c(6,1,49))
phyloseq(xtree)

所以我猜你的 newick 格式文件有问题，或者ape::read.tree 函数中存在错误。

【讨论】：