计算R中两个多维数组之间的相关数组答案

【问题标题】：compute array of correlations between two multidimensional arrays in R计算R中两个多维数组之间的相关数组
【发布时间】：2018-08-05 09:32:11
【问题描述】：

我有两个三维数组 X[nx, ny, nt] 和 Y[nx, ny, nt]。我想计算一个相关矩阵 R，使得 Rij = cor(Xij, Yij)。

我可以通过嵌套的 for 循环来做到这一点：

for (i in 1:nx) {
  for (j in 1:ny) {
    R[i,j] <- cor(X[i,j,], Y[i,j,], use='complete.obs')
  }
}

有没有更好的方法使用 apply 的一些变体？

【问题讨论】：

R <- sapply(1:nx, function(i,j) cor(X[i,j,], Y[i,j,], use='complete.obs'), 1:ny)?
如果你担心速度，cor函数比使用for慢得多
@Parfait 该结果的维度为 [nt*nt, nx]。
@Gilgamesh 你是对的。我原来的 for 循环比下面的 apply with abind 快。

【解决方案1】：

使用abind，我们可以将这两个数组组合成一个四维数组，然后在前两个维度上使用apply：

library(abind)
apply(abind(X, Y, along = 4), 1:2, function(Z) cor(Z[, 1], Z[, 2]))

【讨论】：