在R中从列表转换为数字

Question

我最近遇到一个问题，每次我读取包含带有值的表的 csv 文件时，R 都会将其读取为列表格式而不是数字格式。由于没有线程为我的情况提供完整的答案，一旦我能够让它运行，我决定在这里包含对我有用的脚本，希望它对某人有用。在这里，有一些描述和一些选项，以备您需要时使用：

(1) 从 csv 文件中读取数据。这里文件没有头，所以我放F，如果你有头，那就改成T。

data <- read.csv("folder_path/data_file.csv", header=F)

(1.a) 注意：如果您收到一条警告说“readTableHeader 找到不完整的最后一行”，这意味着 R 没有找到文件结尾符号。只需在 csv 文件的末尾添加一个额外的空行，该消息将不会再次显示。

(2) 可以通过mode命令检查数据是否为列表格式（如果是数字，那么你已经准备好了，根本不需要这个过程！）。

mode(data)

(3) 使用数据的维度初始化一个矩阵（如 NA），在其中您需要数字格式的数据。

dataNum <- matrix(data = NA, nrow = dim(data)[1], ncol = dim(data)[2])

(4) 可选：如果您想为列和/或行添加名称，您可以使用这些选项中的一个。

(4a) 为列和行添加名称，假设每个具有相似的信息，换句话说，您希望名称为 col_1, col_2, ... 和 row_1, row_2, ...

colnames(dataNum) <- colnames(dataNum, do.NULL = F, prefix = "col_")
rownames(dataNum) <- rownames(dataNum, do.NULL = F, prefix = "row_")

(4b) 如果您希望每列和每行使用不同的名称，请改用此选项并手动添加所有名称。

colnames(dataNum) <- c("col_name_1", "col_name_2")
rownames(dataNum) <- c("row_name_1", "row_name_2")

(5)将数据从列表转化为数值形式，放入矩阵dataNum中。

for (i in 1:dim(data)[2]) {
    dataNum[,i] <- c(as.numeric(data[[i]]))
}

(6) 可以用mode命令检查矩阵是否为数字格式。

mode(dataNum)

(7) 可选：如果您想转置矩阵，可以使用以下指令。

dataNum <- t(dataNum)

Answer 1

这是一种将 data.frame 转换为数字矩阵的更短/更快的方法：

data <- data.matrix(data)

还有

data <- as.matrix(data)

但一个重要的区别是您的数据是否包含因子或字符列：as.matrix 会将所有内容强制转换为字符矩阵，而 data.matrix 将始终返回 numeric 或 integer 矩阵。

data <- data.frame(
  logical   = as.logical(c(TRUE, FALSE)),
  integer   = as.integer(c(TRUE, FALSE)),
  numeric   = as.numeric(c(TRUE, FALSE)),
  factor    = as.character(c(TRUE, FALSE))
)

data.matrix(data)
#      logical integer numeric factor
# [1,]       1       1       1      2
# [2,]       0       0       0      1

as.matrix(data)
#      logical integer numeric factor 
# [1,] " TRUE" "1"     "1"     "TRUE" 
# [2,] "FALSE" "0"     "0"     "FALSE"