R：在一个管道中组合几个 apply() 函数答案

【问题标题】：R: combine several apply() function in a pipeR：在一个管道中组合几个 apply() 函数
【发布时间】：2021-05-04 18:35:55
【问题描述】：

我正在使用通用数据集“palmerpenguins”。特别是，我想计算所有数字列的最小值和最大值。我正在使用管道函数。

install.packages("palmerpenguins")
library(palmerpenguins)

penguins_raw %>%
      select_if(is.numeric) %>%
      apply(2, min, na.rm = TRUE) %>%
      apply(2, max, na.rm = TRUE) %>%
      as.data.frame() %>%
      rownames_to_column(var = 'col')

但我收到此错误：

apply(., 2, max, na.rm = TRUE) 中的错误：dim(X) 必须具有正长度

我的疑问是：是否可以在同一管道中组合 2 个 apply() ？我怎样才能做到这一点？谢谢你:)

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

如果你一步一步地分解它，它会更容易理解。每列取最小值后的输出为：

library(dplyr)
library(palmerpenguins)

penguins_raw %>%
  select_if(is.numeric) %>%
  apply(2, min, na.rm = TRUE)

# Sample Number  Culmen Length (mm)   Culmen Depth (mm) Flipper Length (mm) 
#          1.00               32.10               13.10              172.00 

#      Body Mass (g)   Delta 15 N (o/oo)   Delta 13 C (o/oo) 
#            2700.00                7.63              -27.02

现在，您正在对这个输出应用函数 apply(2, max, na.rm = TRUE)，这不是您想要的，因为您想从 penguins_raw 数据集中而不是从上述输出中获取每一列的 max。

如果您使用管道和dplyr 函数，则有专门的函数来执行此类计算。在这种情况下，您可以使用across。

penguins_raw %>%
  summarise(across(where(is.numeric), list(min = ~min(., na.rm = TRUE), 
                                           max = ~max(., na.rm = TRUE))))

或者，如果您使用的是旧版本的 dplyr，请使用 summarise_if：

penguins_raw %>%
  summarise_if(is.numeric, list(min = ~min(., na.rm = TRUE), 
                                           max = ~max(., na.rm = TRUE)))

要将数据转换为 3 列格式，我们可以使用 pivot_longer。

penguins_raw %>%
  summarise(across(where(is.numeric), list(min = ~min(., na.rm = TRUE), 
                                           max = ~max(., na.rm = TRUE)))) %>%
  pivot_longer(cols = everything(), 
               names_to = c('name', '.value'), 
               names_sep = '_')

#  name                    min    max
#  <chr>                 <dbl>  <dbl>
#1 Sample Number          1     152  
#2 Culmen Length (mm)    32.1    59.6
#3 Culmen Depth (mm)     13.1    21.5
#4 Flipper Length (mm)  172     231  
#5 Body Mass (g)       2700    6300  
#6 Delta 15 N (o/oo)      7.63   10.0
#7 Delta 13 C (o/oo)    -27.0   -23.8

【讨论】：

非常感谢！但是，如果我想从中创建一个包含 3 列的数据框？比如，第一个表示数据框的列，第二个表示它们的最大值，第三个表示最小值，如何分开？
@EduardoCabria 我们可以使用pivot_longer 来获取该格式的数据。查看更新的答案。