如何在 R 中创建相关矩阵？答案

【问题标题】：How can I create a correlation matrix in R?如何在 R 中创建相关矩阵？
【发布时间】：2012-05-27 16:22:44
【问题描述】：

我有 92 组相同类型的数据。

我想为任何两种组合创建一个相关矩阵。

即我想要一个 92 x92 的矩阵。

这样元素 (ci,cj) 应该是 ci 和 cj 之间的相关性。

我该怎么做？

【问题讨论】：

查看cor 函数，或Hmisc 包中的rcorr 函数
我能够找到两个参数之间的相关性。问题是如何将它们排列成矩阵？
这到底是怎么得到这么多赞的？

标签： r matrix visualization correlation

【解决方案1】：

一个例子，

 d &lt- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
cor(d) # get correlations (returns matrix)

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以使用“corrplot”包。

d <- data.frame(x1=rnorm(10),
                 x2=rnorm(10),
                 x3=rnorm(10))
M <- cor(d) # get correlations

library('corrplot') #package corrplot
corrplot(M, method = "circle") #plot matrix

【讨论】：

是否有可能获得类似于这些cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/… 的图形，或者一个简单的矩阵，但使用 R 平方而不是 pearson、kendall 或 spearman 相关？
R2 等于 Pearson 相关系数的平方。因此，在创建绘图之前，您只需要将 M 乘以 M（将相关矩阵乘以自身）。

【解决方案3】：

cor 函数将在计算相关性时使用矩阵的列。因此，矩阵 x 和矩阵 y 之间的行数必须相同。例如：

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(20), nrow=5, ncol=4)
y <- matrix(rnorm(15), nrow=5, ncol=3)
COR <- cor(x,y)
COR
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, xlab="x column", ylab="y column")
text(expand.grid(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2])), labels=round(c(COR),2))

编辑：

以下是使用单个矩阵计算的相关矩阵上的自定义行和列标签示例：

png("corplot.png", width=5, height=5, units="in", res=200)
op <- par(mar=c(6,6,1,1), ps=10)
COR <- cor(iris[,1:4])
image(x=seq(nrow(COR)), y=seq(ncol(COR)), z=cor(iris[,1:4]), axes=F, xlab="", ylab="")
text(expand.grid(x=seq(dim(COR)[1]), y=seq(dim(COR)[2])), labels=round(c(COR),2))
box()
axis(1, at=seq(nrow(COR)), labels = rownames(COR), las=2)
axis(2, at=seq(ncol(COR)), labels = colnames(COR), las=1)
par(op)
dev.off()

【讨论】：

@Manuel Ramón 的示例可能最适合您的情况（单个矩阵） - 将您的数据集组织为列。
在上图中，如何“反转”颜色，红色的相关性接近 -1 或 1，白色的相关性接近 0？
image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column")
@Marcinthebox 您如何将变量标签添加到 x 和 y 轴（而不是数字）？谢谢
@AgustínIndaco - 我用另一个例子更新了我的答案。 image 函数不会自动取行列名，所以必须加上。

【解决方案4】：

看看qtlcharts。它允许您创建交互式相关矩阵：

library(qtlcharts)
data(iris)
iris$Species <- NULL
iplotCorr(iris, reorder=TRUE)

当您关联更多变量时会更令人印象深刻，例如在包的小插图中：

【讨论】：

【解决方案5】：

这里还有其他方法可以实现这一点：(Plot correlation matrix into a graph)，但我喜欢你的版本，其中包含框中的相关性。有没有办法将变量名称添加到 x 和 y 列，而不仅仅是那些索引号？对我来说，这将使它成为一个完美的解决方案。谢谢！

编辑：我试图评论 [Marc in the box] 的帖子，但我显然不知道我在做什么。不过，我确实设法自己回答了这个问题。

如果 d 是矩阵（或原始数据框）并且列名是您想要的，那么以下工作：

axis(1, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)
axis(2, 1:dim(d)[2], colnames(d), las=2)

las=0 会将名称翻转回正常位置，我的很长，所以我使用 las=2 使它们垂直于轴。

edit2：要禁止 image() 函数在网格上打印数字（否则它们会与变量标签重叠），请添加 xaxt='n'，例如：

image(x=seq(dim(x)[2]), y=seq(dim(y)[2]), z=COR, col=rev(heat.colors(20)), xlab="x column", ylab="y column", xaxt='n')

【讨论】：