在 GTSummary 中对行进行分组

Question

我正在尝试对一些行/变量（分类和连续）进行分组，以帮助提高大型数据集中的表格可读性。

这是虚拟数据集：

library(gtsummary)
library(tidyverse)
library(gt)
set.seed(11012021)

# Create Dataset
PIR <- 
  tibble(
    siteidn = sample(c("1324", "1329", "1333", "1334"), 5000, replace = TRUE, prob = c(0.2, 0.45, 0.15, 0.2)) %>% factor(),
    countryname = sample(c("NZ", "Australia"), 5000, replace = TRUE, prob = c(0.3, 0.7)) %>% factor(),
    hospt = sample(c("Metropolitan", "Rural"), 5000, replace = TRUE, prob = c(0.65, 0.35)) %>% factor(),
    age = rnorm(5000, mean = 60, sd = 20),
    apache2 = rnorm(5000, mean = 18.5, sd=10),
    apache3 = rnorm(5000, mean = 55, sd=20),
    mechvent = sample(c("Yes", "No"), 5000, replace = TRUE, prob = c(0.4, 0.6)) %>% factor(),
    sex = sample(c("Female", "Male"), 5000, replace = TRUE) %>% factor(),
    patient = TRUE
  ) %>%
  mutate(patient_id = row_number())%>% 
  group_by(
    siteidn) %>% mutate(
      count_site = row_number() == 1L) %>%
  ungroup()%>% 
  group_by(
    patient_id) %>% mutate(
      count_pt = row_number() == 1L) %>%
  ungroup()

然后我使用下面的代码来生成我的表格：

t1 <- PIR %>% 
  select(patientn = count_pt, siten = count_site, age, sex, apache2, apache3,  apache2, mechvent, countryname) %>% 
  tbl_summary(
    by = countryname,
    missing = "no", 
    statistic = list(
      patientn ~ "{n}",
      siten ~ "{n}",
      age ~ "{mean} ({sd})",
      apache2 ~ "{mean} ({sd})",
      mechvent ~ "{n} ({p}%)",
      sex ~ "{n} ({p}%)",
      apache3 ~ "{mean} ({sd})"),
    label = list(
      siten = "Number of ICUs",
      patientn = "Number of Patients",
      age = "Age",
      apache2 = "APACHE II Score",
      mechvent = "Mechanical Ventilation",
      sex = "Sex",
      apache3 = "APACHE III Score")) %>% 
  modify_header(stat_by = "**{level}**") %>%
  add_overall(col_label = "**Overall**")
  
t2 <- PIR %>% 
  select(patientn = count_pt, siten = count_site, age, sex, apache2, apache3,  apache2, mechvent, hospt) %>% 
  tbl_summary(
    by = hospt,
    missing = "no", 
     statistic = list(
      patientn ~ "{n}",
      siten ~ "{n}",
      age ~ "{mean} ({sd})",
      apache2 ~ "{mean} ({sd})",
      mechvent ~ "{n} ({p}%)",
      sex ~ "{n} ({p}%)",
      apache3 ~ "{mean} ({sd})"),
    label = list(
      siten = "Number of ICUs",
      patientn = "Number of Patients",
      age = "Age",
      apache2 = "APACHE II Score",
      mechvent = "Mechanical Ventilation",
      sex = "Sex",
      apache3 = "APACHE III Score")) %>%  
  modify_header(stat_by = "**{level}**")

tbl <-
  tbl_merge(
    tbls = list(t1, t2),
    tab_spanner = c("**Country**", "**Hospital Type**")
  ) %>%
  modify_spanning_header(stat_0_1 ~ NA) %>%
  modify_footnote(everything() ~ NA)

这会产生下表：

我想将某些行组合在一起以便于阅读。理想情况下，我希望表格如下所示：

我尝试过使用 gt 包，代码如下：

tbl <-
  tbl_merge(
    tbls = list(t1, t2),
    tab_spanner = c("**Country**", "**Hospital Type**")
  ) %>%
  modify_spanning_header(stat_0_1 ~ NA) %>%
  modify_footnote(everything() ~ NA) %>% 
as_gt() %>%  
  gt::tab_row_group(
    group = "Severity of Illness Scores",
    rows = 7:8) %>%  
  gt::tab_row_group(
    group = "Patient Demographics",
    rows = 3:6) %>%  
  gt::tab_row_group(
    group = "Numbers",
    rows = 1:2)

这会产生所需的表格：

我这样做的方式有几个问题。

1. 当我尝试使用行名（变量）时，会出现一条错误消息（不能对不存在的列进行子集...）。有没有办法通过使用变量名来做到这一点？对于较大的表，我在使用分配行名的行号方法时遇到了一些麻烦。当有一个变量在移动到末尾以考虑分组行时丢失其位置时尤其如此。

2. 在输入 tbl_summary 之前有没有办法做到这一点？虽然我喜欢这个表格的输出，但我使用 Word 作为统计报告的输出文档，并且希望能够在需要时（或由我的合作者）在 Word 中格式化表格。我通常使用 gtsummary::as_flextable 进行表格输出。

再次感谢，

本

Answer 1

1. 当我尝试使用行名（变量）时，出现错误消息（不能对不存在的列进行子集...）。有没有办法通过使用变量名来做到这一点？对于较大的表，我在使用分配行名的行号方法时遇到了一些麻烦。当有一个变量在移动到末尾以考虑分组行时丢失其位置时尤其如此。

有两种方法可以解决这个问题，1. 为每个组构建单独的表，然后将它们堆叠起来，2. 将分组列添加到 .$table_body，然后按新变量对 tibble 进行分组。

library(gtsummary)
library(dplyr)
packageVersion("gtsummary")
#> '1.3.6'

# Method 1 - Stack separate tables
t1 <- trial %>% select(age) %>% tbl_summary()
t2 <- trial %>% select(grade) %>% tbl_summary()

tbl1 <-
  tbl_stack(
    list(t1, t2), 
    group_header = c("Demographics", "Tumor Characteristics")
  ) %>%
  modify_footnote(all_stat_cols() ~ NA)

# Method 2 - build a grouping variable
tbl2 <-
  trial %>%
  select(age, grade) %>%
  tbl_summary() %>%
  modify_table_body(
    mutate,
    group_variable = case_when(variable == "age" ~ "Deomgraphics",
                               variable == "grade" ~ "Tumor Characteristics")
  ) %>%
  modify_table_body(group_by, group_variable)

2.在管道进入 tbl_summary 之前有没有办法做到这一点？虽然我喜欢这个表格的输出，但我使用 Word 作为统计报告的输出文档，并且希望能够在需要时（或由我的合作者）在 Word 中格式化表格。我通常使用 gtsummary::as_flextable 进行表格输出。

以上示例在导出为 gt 格式之前修改了表格，因此您可以将这些示例导出为 flextable。但是，flextable 没有相同的内置标题行功能（或者至少我不知道它，并且不要在as_flex_table() 中使用它），输出如下表所示。我建议从 GitHub 安装 gt 的开发版本并导出到 RTF（由 Word 支持）——他们在过去几个月里对 RTF 输出进行了许多更新，它可能对你有用。