`Sys.which` 在 RStudio 中找不到可执行文件答案

【问题标题】：`Sys.which` does not find an executable file in RStudio`Sys.which` 在 RStudio 中找不到可执行文件
【发布时间】：2021-01-15 13:45:50
【问题描述】：

我使用的是 Ubuntu 18.04、R 3.6.3 和最新版本的 RStudio。我有一个名为brittany 的可执行文件。当我在终端中运行which brittany 时，它被找到了。当我在终端中运行 R 并输入 Sys.which("brittany") 时，会找到它。但是当我在 RStudio 控制台中输入Sys.which("brittany") 时，却找不到。为什么？这个文件的路径是/home/stla/.local/bin/brittany。

我找到了一种解决方法：如果我在路径中不包含句点的文件夹中对该文件进行符号链接，则可以找到符号链接并且可以执行它。看起来像一个 RStudio 错误。

【问题讨论】：

我认为这可能与stackoverflow.com/questions/16867720/…重复

标签： r ubuntu rstudio

【解决方案1】：

因此，您的 shell 的 $PATH 值与 RStudio 的不同（在开始时，或通过您的“点”文件）。结果路径显示：/home/$USER/.local/bin 是私有路径，而不是系统路径。

我认为 RStudio 尊重 ~/bin，所以也许可以创建它并添加一个软链接。

另一方面，在我的机器上（Ubuntu 20.04、R 4.0.2、RStudio 1.4.781）我看到了

R> system("echo $PATH")
/home/edd/.local/bin:/home/edd/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:\
/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:\
/usr/lib/rstudio/bin/postback
R>

这不是system() 的侥幸，因为Sys.getenv("PATH") 显示相同。

【讨论】：

谢谢。是的，这就是我所做的（~/bin 中的符号链接），这很有效。但是为什么 RStudio 中的 $PATH 与从终端启动的 R 中的不同？我不明白这一点。
@StéphaneLaurent bash 控制台会报告与 R 控制台不同的 PATH 曾经有过这种情况。这不是 Rstudio 的发明。但也可能是 Rstudio 实例的 PATH 与裸 R 控制台会话不同。有关使用 R 控制台的情况，请参阅 ?Startup 页面，有关这种情况，请参阅 Rstudio 文档。如果您想了解在 R 与 bash 案例中对此的看法，请查看 markmail.org/search/… 中的一些热门内容