R devtools 无法安装 - Ubuntu 20.04 - 'pkgload' 的包或命名空间加载失败

Question

我非常渴望install.packages("devtools")。 但是它总是会因为这个错误而失败

Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'pkgload', details:
  call: readRDS(nsInfoFilePath)
  error: error reading from connection
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘devtools’
* removing ‘/home/bjoern/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/devtools’

我试图解决的问题：

1. 添加dependencies = T 参数
2. 根据 hadley wickham 在 github 上的建议 -> 更新 rlang 包
3. 尝试运行 install.packages("pkgload") 导致几乎完全相同的错误（见下文）
4. 完全删除 R 并重新安装它
5. 另外安装以下软件包：
   • r-base-dev
   • r-cran-devtools
   • r-推荐
6. 更新了所有包 update.packages(ask = FALSE, checkBuilt = TRUE)

install.packages("pkgload") 出错

Error: package or namespace load failed for ‘pkgload’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'pkgload', details:
  call: readRDS(nsInfoFilePath)
  error: error reading from connection
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed

我更深入地研究了pkgload（至少我希望这是问题的唯一原因）。我将检查是否手动（重新）安装所有导入并从 pkgload 的 CRAN 页面提出建议并解决它。

导入： desc、方法、pkgbuild、rlang、rprojroot、rstudioapi、 utils, withr
建议： bitops, covr, Rcpp, testthat

---

我的sessionInfo() 输出：

R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 20.04 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.9.0
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.9.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=de_DE.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=de_DE.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=de_DE.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.3 tools_3.6.3

我仍然拒绝相信在 ubuntu20 上安装 devtools 是不可能的
但是在这一点上，我会采取任何稻草

解决方案编辑：

简而言之，为我解决问题的是之前安装了 testthat 包。感谢rui-barradas的评论

install.packages("testthat") 
install.packages("pkgload") 
install.packages("devtools") 

Answer 1

我遇到了同样的问题，至少在我的情况下，解决方案是 Ubuntu 20.04.1 LTS (Focal Fossa) + R 4.0.2：

首先（从终端），安装：

第 1 步：sudo apt-get update -y
第 2 步：sudo apt-get install -y libxml2-dev

然后从 RStudio（首先设置存储库，然后选择 8 个存储库）并安装两个包：

1. 安装xml2包

2. 安装开发工具

对我有用。

Answer 2

我也在 Ubuntu 20.04 上，但运行的是 R 4.0.0。

当尝试安装一个包时，如果它依赖于 R 4.0.0 之前安装的另一个包，我会收到一条错误消息并且安装失败。即使我在对install.packages 的调用中设置dependencies = TRUE，也会发生这种情况。

示例：命令是

install.packages('pkgload')

我省略了第一行输出，表示文件已下载。然后是相关部分。

• 正在安装源代码包“pkgload”...
  ** 包 ‘rcmdcheck’ 成功解包并检查了 MD5 和
  ** 使用分阶段安装
  ** R
  ** 字节编译并为延迟加载准备包错误：包'testthat'是在 R 4.0.0 之前安装的：请重新安装它
  执行停止错误：包“pkgload”的延迟加载失败
• 删除“/usr/local/lib/R/site-library/pkgload”
• 在 install.packages 中恢复以前的“/usr/local/lib/R/site-library/pkgload”警告：安装包“pkgload”有 非零退出状态 下载的源包在
  ‘/tmp/RtmpVxpbs0/downloaded_pa​​ckages’

正确的方式。
安装包pkgload的正确方法是运行序列

install.packages('testthat')
install.packages('pkgload')

问题就解决了。

注意，对于其他包，它已经碰巧看到这是一个递归问题。想象一下，包testthat 依赖于（它不依赖于）在 R 4.0.0 之前安装的另一个包。

烦人但可以解决。

sessionInfo()  
#R version 4.0.0 (2020-04-24)  
#Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)  
#Running under: Ubuntu 20.04 LTS  
#  
#Matrix products: default  
#BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.9.0  
#LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.9.0  
#  
#locale:  
# [1] LC_CTYPE=pt_PT.UTF-8       LC_NUMERIC=C                
#[3] LC_TIME=pt_PT.UTF-8        LC_COLLATE=pt_PT.UTF-8      
# [5] LC_MONETARY=pt_PT.UTF-8    LC_MESSAGES=pt_PT.UTF-8     
# [7] LC_PAPER=pt_PT.UTF-8       LC_NAME=C                   
# [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C                
#[11] LC_MEASUREMENT=pt_PT.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C           
#  
#attached base packages:  
#[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets   
#[6] methods   base       
#  
#other attached packages:  
#[1] rvest_0.3.5       xml2_1.3.2        data.table_1.12.8  
#
#loaded via a namespace (and not attached):