使用 R 指示条形图中的统计显着差异

Question

这是对最初在此处提出的问题的重复：Indicating the statistically significant difference in bar graph 但要求使用 R 而不是 python。

我的问题很简单。如果可能，我想在 R 中使用 ggplot2 生成条形图，并表明不同条形之间存在显着差异，例如产生这样的东西。我进行了搜索，但找不到另一个完全相同的问题。

Answer 1

您可以使用geom_path() 和annotate() 获得类似的结果。对于此示例，您必须自己确定合适的位置。在geom_path() 中提供了四个数字来获取用于连接线的小刻度。

df<-data.frame(group=c("A","B","C","D"),numb=c(12,24,36,48))
g<-ggplot(df,aes(group,numb))+geom_bar(stat="identity")
g+geom_path(x=c(1,1,2,2),y=c(25,26,26,25))+
  geom_path(x=c(2,2,3,3),y=c(37,38,38,37))+
  geom_path(x=c(3,3,4,4),y=c(49,50,50,49))+
  annotate("text",x=1.5,y=27,label="p=0.012")+
  annotate("text",x=2.5,y=39,label="p<0.0001")+
  annotate("text",x=3.5,y=51,label="p<0.0001")

Answer 2

我使用了上面建议的方法，但我发现 annotate 函数比 geom_path 函数更容易制作线条。只需使用“段”而不是“文本”。您必须按段分解并为每个线段定义起始和结束 x 和 y 值。

制作3条线段的例子：

annotate("segment", x=c(1,1,2),xend=c(1,2,2), y= c(125,130,130), yend=c(130,130,125))

Answer 3

我知道这是一个老问题，Didzis Elferts 的回答已经为这个问题提供了一个解决方案。但是我最近创建了一个 ggplot-extension 来简化添加重要性条的整个过程：ggsignif

无需繁琐地将geom_path 和annotate 添加到您的绘图中，您只需添加一个层geom_signif：

library(ggplot2)
library(ggsignif)

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")), 
              map_signif_level=TRUE)

包的完整文档可在CRAN 获得。