作为脚本运行时validObject（.Object）中的R错误，但不在控制台中

Question

以下代码在 R 控制台 (R 3.3.0) 中运行良好：

m = system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix")
x = Matrix::readMM(m)

我可以把它放在一个脚本中，它在 R 控制台中运行良好：

source("test.R")

但是，当我以Rscript --vanilla test.R 或Rscript test.R 执行它时，出现错误：

Error in validObject(.Object) : 
  invalid class “dgTMatrix” object: Not a valid 'Mnumeric' class object
Calls: <Anonymous> -> new -> initialize -> initialize -> validObject
Execution halted

我不知道这是否与该特定功能有关。我猜这与 Rscript 的工作方式有关，但我之前将它与其他各种库和函数一起使用，并且从未见过这样的东西。知道发生了什么吗？

Answer 1

哦，亲爱的。 我很漂亮（不是 100%！）确定这个问题不应该适用于新版本的 R 和 Matrix。 我仍然会声称这不是正确意义上的矩阵错误，而不是“Rscript”与“R”错误——正如@Stu Field 已经提到的那样； Rscript 默认情况下不会将 methods 包附加到 search() 路径，但常规 R 会。

OTOH，R CMD check Matrix 现在应该尝试在方法包不在搜索路径中的情况下运行 Matrix，因此问题不应该出现在 Matrix 1.2-9 和更新版本中，即默认情况下来自 R 3.4.0 和如果您有旧版本的 R，请更新或更新“Matrix”包。

再次：您能否确认问题已在 R 3.4.0 中消失（“伴随着 Matrix 1.2-9”）？

这是一个更有用的示例脚本，我称之为Rscript-tst.R。 运行方式

Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout 2>&1

或（就像我自己安装了许多 R 版本）类似

`R-3.4.0 RHOME`/bin/Rscript --vanilla Rscript-tst.R > Rscript-tst.Rout_R340 2>&1

Rscript-tst.R：

options(echo = TRUE)# << even with "Rscript" or --slave ...
(m <- system.file("external/pores_1.mtx", package = "Matrix"))
packageDescription("Matrix")
## This *load*s the Matrix package but does not attach it to search()
str(Matrix::readMM)
sessionInfo()
x <- Matrix::readMM(m)
## used to fail because 'methods' was not "there" (in Rscript only)

Answer 2

我可以确认...在运行包含对glmnet() 的调用的脚本时，我遇到了完全相同的错误。我能够将其追溯到 glmnet 所依赖的 Matrix 包。

我从 v3.3.3 -> v3.3.2 反向修改了我的 R 版本，错误消失了。然后我检查了两者之间的sessionInfo()，发现Matrix 包的版本不同......它是1.2-8（在v3.3.3 中）和1.2-7.1（在v3.3.2 中）。为了确认，我只是将 Matrix (7.1) 的 "OK" 版本替换为 "broken" 版本并返回错误。

我还可以确认通过library(methods) 显式加载方法包可以解决错误（不知何故？），这解释了控制台调用和命令行中的 Rscript 调用之间的不同行为。

所以，我们似乎有两种解决方法：

1. library(methods)
2. 将您的 Matrix 版本返回到 1.2-7.1。

两者都不是超级令人满意...我只想知道 Matrix 1.2-8 发生了什么。可能会在下个版本修复错误。

如果你有兴趣，这里是我的sessionInfo()：

R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 16.04.2 LTS

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  base

other attached packages:
[1] glmnet_2.0-5  foreach_1.4.3 Matrix_1.2-8 

loaded via a namespace (and not attached):
[1] codetools_0.2-15 grid_3.3.3       iterators_1.0.8  methods_3.3.3   

[5] lattice_0.20-35