将 shell 环境变量传递给 Rscript答案

【问题标题】：Pass shell environment variable to Rscript将 shell 环境变量传递给 Rscript
【发布时间】：2017-03-06 18:09:36
【问题描述】：

有没有办法将 shell 环境变量传递给 Rscript。例如：

Rscript -e 'devtools::install_github("private/repo",auth_token = "$GITHUB_CRED")'

我已经尝试过了，它只是传递了文字字符。我想知道是否还有其他方法？

【问题讨论】：

可能是auth_token = shell("$GITHUB_CRED", intern = TRUE)?
我要试一试。我现在有一个 hacky 解决方案，我将它推送到一个文件，然后 readLines()
args 怎么样？ Rscript -e 'args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE); paste("bla", args[1])' myPassword
@RichScriven 我尝试了shell 和system，都没有成功。
@zx8754 现在也将尝试您的解决方案。

标签： r

【解决方案1】：

狭义上的问题：“是的，Rscript可以”：

edd@max:~$ SOME_VAR="some value" Rscript -e 'print(Sys.getenv("SOME_VAR"))'
[1] "some value"
edd@max:~$

至于处理 GitHub 凭据，通过适当的 GitHub 客户端可能有更好的解决方案。你试过（优秀和推荐的）git2r 包吗？

【讨论】：

不，我没试过git2r。我认为未说明的主要问题是我将它作为环境变量传递给由 CI 系统构建的 Dockerfile。所以更传统的方法都不起作用。
我不是安全专家，但有些人曾在该领域工作过。不要重新发明轮子——围绕 Docker、git、凭据进行一些谷歌搜索......
即使 Docker 也没有一个明确的共享秘密的策略。现在的一切都只是安全问题的黑客攻击。为了您的阅读乐趣github.com/docker/docker/issues/13490

【解决方案2】：

看起来有点可笑，但是：

echo $GITHUB_CRED > file.txt
Rscript -e 'devtools::install_github("private/repo",auth_token = readLines("file.txt"))'

我在 jenkins build(s) 中使用它和 docker-slaves-plugin，以便我可以将我的所有配置存储在与我的包存储库关联的 Dockerfiles 中（干净的构建）

【讨论】：

【解决方案3】：

您是否尝试过使用Sys.getenv？

Rscript -e 'devtools::install_github("private/repo", auth_token=Sys.getenv("GITHUB_CRED"))'

【讨论】：