r-raster中overlay和ifelse函数之间的冲突答案

【问题标题】：conflict between overlay and ifelse functions in r-rasterr-raster中overlay和ifelse函数之间的冲突
【发布时间】：2016-07-05 22:28:25
【问题描述】：

我在运行代码时发现在光栅包中的 overlay 内使用 ifelse 函数时出现了奇怪的行为。简而言之，如果每个栅格的前5个值是NA，函数就会报错。为什么会这样？下面是一个简短的代码，它模仿了我使用 R 3.2.3 和光栅版本 2.5-2 发现的问题，以及我正在考虑同时使用的一些临时解决方案。

谢谢

卡洛斯·阿尔贝罗

library(raster)
cob1d <- raster(matrix(1,nr=6,nc=6))
cob1 <- cob1d; cob2 <- cob1d; cob3 <- cob1d
overlay(cob1, cob2, cob3, fun=function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3))

# class       : RasterLayer 
# dimensions  : 6, 6, 36  (nrow, ncol, ncell)
# resolution  : 0.1666667, 0.1666667  (x, y)
# extent      : 0, 1, 0, 1  (xmin, xmax, ymin, ymax)
# coord. ref. : NA 
# data source : in memory
# names       : layer 
# values      : 3, 3  (min, max)


# Changing the first 5 values...

cob1[1:5] <- NA; cob2[1:5] <- NA; cob3[1:5] <- NA
overlay(cob1, cob2, cob3, fun=function(x1, x2, x3)  (x1 + x2 + x3))

给出了相同的结果...

# but if I use `ifelse`, there is a problem:

overlay(cob1, cob2, cob3, fun=function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3))
# Error in ifelse(x1, x1 + x2 + x3, x3) : 
#  argument "x2" is missing, with no default 

# Another way to solve it is adding a useless extra variable without `NA`.

cob4 <- cob1d
overlay(cob1, cob2, cob3, cob4, fun=function(x1, x2, x3, x4)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3))
# same result as before...
# class       : RasterLayer 
# dimensions  : 6, 6, 36  (nrow, ncol, ncell)
# resolution  : 0.1666667, 0.1666667  (x, y)
# extent      : 0, 1, 0, 1  (xmin, xmax, ymin, ymax)
# coord. ref. : NA 
# data source : in memory
# names       : layer 
# values      : 3, 3  (min, max)

# or just avoiding the use of the `ifelse` function...

overlay(cob1, cob2, cob3, cob4, fun=function(x1, x2, x3, x4)  (x1 > 0) * (x1 + x2 + x3) + (x1 <= 0)*x3)

【问题讨论】：

我遇到了同样的错误。不知道为什么...
您是否也在使用ifelse 函数？你能复制你正在使用的函数或它的简化版本吗？
我刚刚试用了您的代码并收到了相同的错误消息。但是我真的不明白使用 ifelse 函数的这种奇怪行为

标签： r r-raster

【解决方案1】：

这是一个有趣的案例。 overlay 使用前 5 个单元格来确定如何处理数据（通过apply 或通过do.call）。第一个测试是看apply能不能用。如果所有值都是NA，则使用的函数可以通过apply 运行

f <- function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3)
m <- matrix(NA, 5, 3)
apply(m, 1, f)

根据该测试，apply 用于所有单元格。但是，当并非所有值都是 NA 时，apply 使用此函数会失败：

m[1] <- 1
apply(m, 1, f)

这失败了，因为只有一个第一个参数 x（而不是 f 要求的三个参数）。

而相反的情况很常见（当只提供 NA 值时函数会失败）这种情况很少见。

raster:::calc 具有参数forcefun 以避免使用apply，但这在overlay 中不可用。我已将其添加到 raster（版本 >= 2.5-4）的未来版本中，您可以这样做：

f <- function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0, x1 + x2 + x3,  x3)
overlay(cob1, cob2, cob3, fun=f, forcefun=TRUE)

无论如何，您都可以使用calc 作为解决方法：

s <- stack(cob1, cob2, cob3)
r <- calc(s, fun=function(x)  ifelse(x[1] > 0, x[1] + x[2] + x[3],  x[3]))

或另一种选择，基于您的替代功能：

r <- (cob1 > 0) * (cob1 + cob2 + cob3) + (cob1 <= 0)*cob3

【讨论】：

【解决方案2】：

也许你必须在你的函数中使用每个“x”的条件，例如

overlay(cob1, cob2, cob3, fun=function(x1, x2, x3)  ifelse(x1 > 0 & x2 >0 & x3 >0 , x1 + x2 + x3,  x3))

不只是x1的条件（x1>0）

【讨论】：