使用 renv 时，Rscript 无法识别库答案

【问题标题】：Rscript is not recognising libraries when using renv使用 renv 时，Rscript 无法识别库
【发布时间】：2020-07-26 12:45:47
【问题描述】：

我正在使用 R 的 v3.6.3 和 renv 开发 Mac OSX。在 Rstudio 和 R 中，我可以加载已安装包的库，例如 library(ggplot2) 工作。但是，当我使用 Rscript 运行脚本时，我会收到消息

Error in library(ggplot2) : there is no package called ‘ggplot2’

根据这个 SO answer，我需要确保的值

Sys.getenv('R_LIBS_USER') in R.exe

与

的值相同

Rscript.exe -e ".libPaths()"

但是值是一样的，都是指向我项目文件夹中的renv-system-library。

那么我该如何解决这个问题？

【问题讨论】：

.libPaths() 订单可能是问题所在。你能打印Rscript的第一条路径吗

标签： r renv

【解决方案1】：

我设法解决了这个问题。 akrun 的回答很有用，但没有用，但给我指出了错误的方向。答案不起作用，因为使用它，我收到以下错误：

    Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'pillar', details:
  call: utils::packageVersion("vctrs")
  error: there is no package called ‘vctrs’

现在vctrs 在'/path/where/library/is/located' 中，所以我认为依赖包不是从该路径加载的，而是 Rscript 的默认值。在脚本中添加print(.libPaths() 给出了

"/usr/local/Cellar/r/3.6.3_1/lib/R/library"

而不是

[1] "/Users/Chris/Sites/app_name/renv/library/R-3.6/x86_64-apple-darwin18.7.0"
[2] "/private/var/folders/5_/p_yl0439059b7_jdqzrm0hr40000gr/T/RtmptdHcWN/renv-system-library"

用于 Rstudio 中的 .libPaths()。查看实际运行 Rscript 程序的 ruby 程序，我发现它正在使用 --vanilla 选项运行，即

Rscript --vanilla script_name

删除 --vanilla 选项解决了这个问题。我认为带有 --vanilla 选项的脚本停止工作，因为我使用 brew 重新安装了 R 以解决我遇到的另一个问题，并在其中发出了以下命令：

brew link --overwrite r

【讨论】：

【解决方案2】：

在library调用中指定lib.loc可能会更好

library(ggplot2, lib.loc = '/path/where/library/is/located')

【讨论】：

我试过了，但收到错误消息no library trees found in 'lib.loc'
@Obromios 这很奇怪。你能检查一下.libPaths()，它可能不止一个。通常，首先检查本地的包
打印出 ``` "/Users/Chris/Sites/app_name/renv/library/R-3.6/x86_64-apple-darwin18.7.0" [2] "/private/var/folders /5_/p_yl0439059b7_jdqzrm0hr40000gr/T/RtmptdHcWN/renv-system-library"```，和我输入lib.loc的一样
好的，你能检查一下 ggplot2 安装在其中的哪一个中吗？当您从没有 loc 的脚本调用时，它可能会检查不同的位置
@Obromios 这也可能是由于许可。