无法使用 Rscript 命令在服务器上加载 R 库答案

【问题标题】：Can't load R library on server using Rscript command无法使用 Rscript 命令在服务器上加载 R 库
【发布时间】：2014-10-31 09:16:19
【问题描述】：

我正在使用 perl-cgi 调用

my $call = qx(Rscript tcga_analysis.R $bg_name $ctr_name $set $user);

当我在服务器上使用来自 unix 的 Rscript myRscript.R 时，它可以工作，但从 perl 中我似乎无法加载任何包。我收到以下错误（来自 Apache 日志）：

Error in library(gplots) : there is no package called 'gplots'

使用 .libPaths()：

> .libPaths()
[1] "/home/sbattaglia/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1"
[2] "/usr/lib64/R/library"
[3] "/usr/share/R/library"

在主文件夹中显示我的个人图书馆。

我尝试过使用

library(gplots, lib.loc="/home/sbattaglia/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1")

但我收到lib.loc error 说那里没有图书馆树。我什至在包含库路径的工作目录中创建了一个.Rprofile 文件，但没有成功。我也尝试添加pos=1，但没有成功...

但是，如果我打开 R 并调用 library(gplots) 它可以工作

我需要让它从 perl 调用 Rscript，因为它是分析管道的一部分，它使用 Web 界面 -> perl-cgi -> R 来分析一些数据！

谢谢:)

【问题讨论】：

cgi 脚本是否由其他用户运行，可能是 apache？可能是权限问题。
我是包含 R 和 perl cgi 脚本的 var/www/html 文件夹的所有者
R 库的权限似乎是个问题。试试chmod -R a+r /home/sbattaglia/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1，即让任何人都可以阅读所有内容。
@flodel 刚试过，日志上同样的错误：Error in library(gplots) : there is no package called 'gplots'
能否提供以自己身份运行ls -ld /home/sbattaglia/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/gplots的输出？

标签： r gplots

【解决方案1】：

我将发布与@floded 聊天中出现的答案。

基本上，这些库位于服务器上对 Apache 不可见的文件夹中。我在 .R 和 .cgi 文件所在的位置重新下载了我需要的包，指定了 library(gplots, lib.loc="correctPathToLibrary") 并且它工作了:)

【讨论】：