如何让 Rscript 在非交互式 bash 模式下返回状态码答案

【问题标题】：How to get an Rscript to return a status code in non-interactive bash mode如何让 Rscript 在非交互式 bash 模式下返回状态码
【发布时间】：2019-10-28 13:46:24
【问题描述】：

我正在尝试从以 bash 脚本形式以非交互方式运行的 Rscript 中获取状态代码。此步骤是较大数据处理周期的一部分，其中涉及 db2 脚本。

所以我在脚本 sample.sh 中有以下内容：

Rscript --verbose --no-restore --no-save /home/R/scripts/sample.r >> sample.rout

运行此 sample.sh 时，无论 sample.r 脚本是完全运行还是在中间步骤中出错，它总是返回状态代码 0。

我尝试了以下方法，但没有成功

1 - 在 sample.sh 文件中，我为返回代码添加了一个 if 和 else 条件，如下所示，但它再次写回 0，尽管 sample.r 在其中的一个函数中失败。

if Rscript --verbose --no-restore --no-save /home/R/scripts/sample.r >> sample.rout
then
  echo -e "0"
else
  echo -e "1"
fi

2 - 我还尝试了一个包装脚本，例如在 sample.wrapper.sh 文件中

r=0
a=$(./sample.sh)
r=$?

echo -e "\n return code of the script is: $a\n"
echo -e  "\n The process completed with status: $r"

在这里，如果 sample.r 在变量 a 和 r 的中间步骤中失败，我也没有得到预期的“1”。理想情况下，我想要一种方法来捕获a 中的错误（如“1”）。

有人可以建议如何让 rscript 仅在整个脚本完成且没有任何错误的情况下写入“0”，而在所有其他情况下写入“1”？

非常感谢您的意见！谢谢！

【问题讨论】：

这有帮助吗：stackoverflow.com/questions/7681199/…
你的 Rscript 是什么样的？如果我在具有未知函数/不正确语法的文件上运行 Rscript，我会看到预期的退出代码 1
@jenesaisquoi 我的 Rscript 是一个涉及从 db2 数据库获取数据、进行计算以及将数据写回 db2 数据库等的过程。我的问题是，如果该过程在任何步骤中失败，R 将错误写回控制台并在那里结束。但它写入的返回码仍然是“0”。但如果过程中出现任何错误，我希望返回代码为“1”。
@StewartMacdonald 我之前已经检查过这篇文章，我不知道如何让它适用于我的用例。

标签： r bash batch-processing rscript non-interactive

【解决方案1】：

我通过返回除了 echo 之外的状态码解决了这个问题。下面是从 sample.sh 脚本中截取的代码。此外，在 sample.R 代码中，我添加了 trycatch 来捕获错误并退出（状态 = 1）。

function fun {

if Rscript --verbose --no-restore --no-save /home/R/scripts/sample.r > sample.rout 2>&1
then
  echo -e "0"
  return 0  
else
  echo -e "1"
  return 1
fi

}

fun

感谢大家的投入。

【讨论】：

【解决方案2】：

上面的代码对我有用。我对其进行了修改，以便我可以重用该函数并在出现错误时让它退出

Rscript_with_status () {

rscript=$1

if Rscript --vanilla $rscript
then
        return 0
else
        exit 1
fi

}

运行 r 脚本：

Rscript_with_status /path/to/script/sample.r

【讨论】：

【解决方案3】：

您的远程脚本需要提供正确的退出状态。您可以通过在远程脚本末尾提供即“exit 1”来进行第一次测试，看看它会有所作为。

remote.sh：

#!/bin/sh
exit 1

从本地机器：

ssh -l username remoteip /home/username/remote.sh
echo $?
1

但是远程脚本还应该向您提供最后执行的命令的退出状态。通过修改远程脚本进一步试验：

#!/bin/sh
#exit 1
/bin/false

远程命令的退出状态现在也将是 1。

【讨论】：