在 macOS 上安装 rpy2 -- R_HOME 变量的问题

Question

我想在我的 python 代码中导入库，所以我可以使用 Python 连接我的 Rcode。我已经使用 pip pip rpy2 install 安装了 rpy2 但是，我在我的 python 会话中收到错误“ValueError: r_home is None. Try python -m rpy2.situation”。

系统：

MacOS：莫哈韦 10.14.5

Python：3.7.4（使用 eclipse & pydev 构建脚本）

R：3.5.3

我在终端 export R_HOME=$(R RHOME) 中运行此代码来设置我的 R_HOME 变量。然后检查我运行python -m ryp2.situation 来检查我的输出，看看是否正确添加了 R_HOME 变量。

Python 版本： 3.7.4（默认，2019 年 7 月 9 日，18:13:23）[Clang 10.0.1 (clang-1001.0.46.4)] 寻找 R 的 HOME：

Environment variable R_HOME: /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Calling `R RHOME`: /Library/Frameworks/R.framework/Resources
InstallPath in the registry: *** Only available on Windows *** R version:
In the PATH: R version 3.5.3 (2019-03-11) -- "Great Truth"
Loading R library from rpy2: OK Additional directories to load R packages from: None

所以现在看起来我将 R_HOME 作为变量，但在执行我的 python 代码时仍然遇到同样的错误。我尝试在终端中卸载 rpy2 并按照this post 中的一些逻辑使用终端重新安装。我被卡住了，不知道接下来应该尝试什么，因此感谢您的帮助。

这是我要运行的python代码：

import rpy2.robjects as robjects
import rpy2.robjects.packages as rpackages
from rpy2.robjects.vectors import StrVector

    
packageNames = ('pdftools', 'dplyr', 'stringi', 'knitr', 'markdown', 'rmarkdown')
utils = rpackages.importr('utils')
utils.chooseCRANmirror(ind=1)
    
packnames_to_install = [x for x in packageNames if not rpackages.isinstalled(x)]
    
if len(packnames_to_install) > 0:
    utils.install_packages(StrVector(packnames_to_install))

Answer 1

试试这个：

pip uninstall rpy2
pip list --outdated
pip install --upgrade wheel
pip install --upgrade setuptools
pip install rpy2