如何强制 rstudio/knitr/rmarkdown 使用替代 pandoc 二进制文件 (scholdoc)答案

【问题标题】：How to force rstudio/knitr/rmarkdown to use alternative pandoc binary (scholdoc)如何强制 rstudio/knitr/rmarkdown 使用替代 pandoc 二进制文件 (scholdoc)
【发布时间】：2015-10-04 23:22:11
【问题描述】：

scholdoc（参见scholarlymarkdown.com）是pandoc 的一个分支，它有！终于！易于参考的数字/代码块等内置 - pandoc 中的一个中心缺失部分。

在rstudio 中使用knitr/rmarkdown 时，是否有任何直接的方法可以强制使用scholdoc 而不是随附的pandoc 二进制文件？

当我设置.Rprofile时

options(
  rstudio.markdownToHTML = function(inputFile, outputFile) {
    system(
      paste(
        "~/.cabal/bin/scholdoc",
        shQuote(inputFile),
        "-o", shQuote(outputFile)))
  })

如here 所示，这似乎可行，但是，由于它缺少内部pandoc 使用的所有命令行选项，因此会产生开箱即用的HTML，这会让我陷入痛苦的境地正确使用所有 CLI 选项。

在研究了一些rmarkdown的代码后，我也尝试将环境变量RSTUDIO_PANDOC设置为包含scholdoc的路径-无济于事。

谁能指出一个使用最新的rstudio/scholdoc 安装的简单方法？

【问题讨论】：

这不是你要找的，但这可以从命令行工作。 RScript -e "库(knitr); knit('test.Rmd')" && scholdoc test.md -o test.html。因此你可以调用 system(...)
我还建议将RSTUDIO_PANDOC 设置为shell 变量，基于what I assume you looked at。您能否详细说明为什么这不起作用？
RStudio 中的 RMarkdown 控制台一直读取/usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc manuscript.utf8.md ...，而echo $RSTUDIO_PANDOC 给出~/.cabal/bin/sholdoc 就好了...
RSTUDIO_PANDOC 指向目录，而不是文件。 rmarkdown 假定 pandoc 可执行文件的名称始终是“pandoc”。 github.com/rstudio/rmarkdown/blob/…
感谢您的观察。我已将RSTUDIO_PANDOC 设置为指向~/bin 并在其中软链接scholdoc --> pandoc。 Rstudio 现在确实在使用scholdoc，但我的下一个任务是克服rmarkdown 的版本检查......会报告回来。

标签： rstudio knitr r-markdown pandoc

【解决方案1】：

我很久以前就问过这个想法，为了完整起见，我要指出，bookdown 已进入舞台以提供rmarkdown 文档中的数字等的交叉引用。

在发出install.packages('bookdown') 之后，RStudio 可以通过在文档的YAML 标题中添加以下内容来强制使用它：

output:
  bookdown::pdf_document2:

【讨论】：