macOS Big Sur 下的 Shell PATH to R答案

【问题标题】：Shell PATH to R under macOS Big SurmacOS Big Sur 下的 Shell PATH to R
【发布时间】：2021-03-08 20:18:01
【问题描述】：

我在 Big Sur 下的 R CMD 有问题。我通过默认的 .pkg（不是通过 brew）安装了 R，并且我一直使用 zsh（Z shell）作为默认 shell。我认为我的 PATH 存在无法修复的问题。

在终端：

~ echo $0  
zsh  
~ echo $PATH             
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/bin:/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/bin:/Users/vanderleidebastiani/.jenv/bin:/opt/miniconda3/bin:/opt/miniconda3/condabin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/Library/TeX/texbin:/opt/X11/bin:/Library/Apple/usr/bin:/Library/Frameworks/R.framework/Resources:/Library/Frameworks/R.framework/Resources  
~ R CMD  
looks ok

在 R/RStudio 中：

> system("echo $0")
sh
> system("echo $PATH")  
/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/Library/TeX/texbin:/opt/X11/bin:/Library/Apple/usr/bin:/opt/local/bin:/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/postback  
> system("R CMD")  
sh: R: command not found
Warning message:
In system("R CMD") : error in running command

如果我将 PATH 包含到“/Library/Frameworks/R.framework/Resources”中，我可以使用 Sys.getenv 暂时解决此问题

Sys.getenv("PATH")  
"/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/Library/TeX/texbin:/opt/X11/bin:/Library/Apple/usr/bin:/opt/local/bin:/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/postback" 
 
Sys.setenv(PATH="/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/Library/TeX/texbin:/opt/X11/bin:/Library/Apple/usr/bin:/opt/local/bin:/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/postback:/Library/Frameworks/R.framework/Resources")  

system("R CMD")  
-looks ok

我试图永久包含 PATH，所以我编辑了 .bash_profile、.profile、.zshrc、.bashrc 在我的主文件夹中（如果是“/Users/vanderleidebastiani”）包括：

# Setting PATH for R
export PATH="$PATH:/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

但是，它没有任何效果。重启 R 后 PATH 无法识别，它会回到初始设置。

我是否需要在另一个文件中包含 PATH 或者我在包含它的方式上犯了一些错误？

最好的，范德雷

【问题讨论】：

您是否关闭并重新打开了 RStudio？另外，运行 system("R CMD") 的目的是什么？（除了证明它没有找到之外）即它会给你带来什么问题 - 是当你去构建一个包或类似的东西时？
@stevec 我已经关闭并重新打开了 R 和 RStudio。我的 MODIS 包有问题（我在 github.com/MatMatt/MODIS/issues/104 中打开了一个问题），我认为这些问题可能是相关的。
您是否尝试重新安装 R/RStudio？
@steve 我来自 macOS Catalina > 更改默认 shell > 更新到 Big Sur > 完全删除 R 和 RStudio（以尝试修复 MODIS 问题）并重新安装 R e RStudio。我使用另一台带有 Big Sur 的计算机，然后在上次 MODIS 更新后 MODIS 工作正常，R CMD 也工作正常（这就是为什么我认为问题可能相关）。

标签： r bash macos shell rstudio

【解决方案1】：

要创建新路径，只需在 MACOS Big Sur 中执行此操作

sudo touch ~/.zshrc
sudo nano export PATH=$PATH:/YOUR PATH
crtl + x 并保存
source ~/.zshrc 或关闭并打开终端

使用 echo $PATH 检查

【讨论】：

【解决方案2】：

我遇到了同样的问题，但可以访问自制安装的二进制文件。我找到的解决方法是修改 Big Sur 中的全局 PATH 变量。

事实证明，如果您将文本文件放入 /etc/paths.d 文件夹，即使在重新启动 RStudio 后，它也会被解析并添加到 PATH。

我使用sudo nano /etc/paths.d/homebrew 添加了一个文本文件，并将/opt/homebrew/bin 和/opt/homebrew/sbin 粘贴在不同的行上。保存并关闭后，我重新启动 RStudio 并从 RStudio 的终端运行 echo $PATH 以检查路径是否已正确导入。

参考： https://serverfault.com/questions/16355/how-do-i-set-the-global-path-environment-variable-on-os-x

【讨论】：