手动使用 R Knit/Markdown 生成 HTML 绘图答案

【问题标题】：Manually use R Knit/Markdown to produce plots for HTML手动使用 R Knit/Markdown 生成 HTML 绘图
【发布时间】：2014-03-25 19:23:12
【问题描述】：

我正在使用knit()和markdownToHTML()自动生成报告。

问题是我在使用这些命令时没有输出绘图。但是，当我使用 RStudio 的 Knit HTML 按钮时，会生成绘图。然后当我使用我自己的 knit/markdown 函数时，它会突然输出绘图。当我切换到另一个文档并编织那个文档时，就会出现旧图。

例子：

```{r figA, result='asis', echo=TRUE, dpi=300, out.width="600px", 
              fig=TRUE, fig.align='center', fig.path="figure/"}
plot(1:10)
```

使用命令：

 knit(rmd, md, quiet=TRUE)
 markdownToHTML(md, html, stylesheet=style)

所以我猜有 2 个问题，这取决于你想如何处理它：

【问题讨论】：

我发现 RStudio 将它们输出到一个文件夹中，而 knitting 并没有将地块放在这个文件夹中。
你的意思是 RStudio 为同一目录中的 .md 文件输出绘图，而 knit() 将它们输出到 figure/ 文件夹中？如果是这样，您是否知道将 RStudio 输出图设置到 figure/ 文件夹而不在 .Rmd 文件中明确指定 opts_chunk$set(fig.path = "figure/") 的方法？

【解决方案1】：

我在这里看到的唯一问题是，当您有跨越两行的块选项{...} 时，这不起作用。如果全部在一条线上，它工作正常。我错过了什么吗？

查看the documentation 中的 knitr 下如何禁止这样做：

块选项必须写在一行中；块选项内不允许换行；

RStudio 必须以非标准方式处理换行符。

【讨论】：

【解决方案2】：

这真的很尴尬，我真的以为我仔细阅读了文档：

include: (TRUE;logical) 是否将块输出包含在最终输出文件；如果 include=FALSE，则不会写入任何内容输出文档，但代码仍在评估和绘图文件如果块中有任何地块，则生成，因此您可以手动插入数字；请注意，这是唯一未缓存的块选项，即，更改它不会使缓存无效

只需添加 {..., include=TRUE} 就可以了。我会说这将是一个非常明智的默认设置。

【讨论】：