【问题标题】:Extracting git information in rstudio在rstudio中提取git信息
【发布时间】:2015-09-03 20:50:00
【问题描述】:

我正在尝试在 RStudio 和 Rmarkdown 中进行一些可重复的研究。主要是因为我懒得一遍又一遍地将数字粘贴到 powerpoint 或 word 中。 咧嘴一笑

我认为对于可重复研究非常重要的一件事是准确记录哪个版本的 RMarkdown 文档产生了报告。通常,此类文档会经过多次修订,此外,它们可能会从存储库中提取多个其他源文件或数据。因此,插入 git commit SHA,并记录存储库是干净还是脏。

但是尽管 RStudio 知道 git,但它似乎并没有通过任何 API 调用提供这些信息。还是我错过了什么?

除了手动使用 git 之外,我还有什么选择?

【问题讨论】:

  • 因为我懒得一遍又一遍地将数字粘贴到PowerPoint或单词中。” - 这不是懒惰,这是严谨。
  • 您查看过 DescTools 包吗?您可以创建一个带有书签的 Word 模板,将 R 中的绘图保存到将绘图链接到其书签的列表中,然后 R 会将它们插入到 Word 文档(或 PowerPoint)中。
  • @lawyeR 我对 Rmarkdown 很满意 -> pdf/word/whatever 用于捕获数字和内容,这是关于捕获代码周围的修订信息。

标签: r git rstudio reproducible-research


【解决方案1】:

我认为 RStudio 也不提供此信息,但您可以通过这样的 system 调用轻松检索它,例如:

docVersion <- system("git log -n 1 --pretty=oneline", intern = TRUE)
repoStatus <- system("git status -s", intern = TRUE)

您只需要在git log 中指定您想要的格式,并且可能会使用git status 来获得您想要的确切信息。

【讨论】:

  • 我试图避免做这样的事情。不过,开始认为这可能是唯一的方法......
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