在 Sweave 中制作扁平化的 pdf答案

【问题标题】：Making flattened pdfs in Sweave在 Sweave 中制作扁平化的 pdf
【发布时间】：2012-10-18 10:18:08
【问题描述】：

所以我正在使用 Sweave 创建 pdf，其中包含一些带有大量点的图形。我可以很好地获得 pdf，但它似乎已经创建了很多层，因此很难在 Acrobat 或 Reader 中打开文件。当我这样做时，我真的可以看到文件上加载的点。

有没有办法在 Sweave 中将 pdf 展平，使其不那么笨重？

（请注意，我正在使用 RStudio。我知道我可能应该使用其他东西，但我还没有找到任何可以顺利运行的东西。）

【问题讨论】：

你的图形目前是什么格式的？
...好问题？它们是直接从 R 代码生成的。
如果您使用默认值，那么它们是 eps 和 pdf 请参阅 statistik.lmu.de/~leisch/Sweave/FAQ.html 我建议转换为 knitr ，您可以轻松地指定设备并使用 png 或 jpeg 哪个会更小。
Whew 作为一个选项看起来真的很不错，但现在我遇到了所有这些选项冲突。如果这是唯一的方法，我将学会绕过它们，但还有其他仅使用 Sweave 的选项吗？
从sweave 过渡到knitr 相当容易，作者为此提供了很好的指导。这将非常值得您花时间（除非您很少使用 sweave）。

标签： r pdf latex sweave rstudio

【解决方案1】：

没有必要为此切换到 Knitr，尽管这样做有很多好处。

一种解决方案是安排生成绘图文件，然后自己包含它，而不是依靠 Sweave 为您完成

<<gen_fig, echo=true, eval=true>>=
png("path/to/fig/location/my_fig.png")
plot(1:10)
dev.off()
@

\includegraphics[options_here]{path/to/fig/location/my_fig}

另一种选择是考虑具有“大量点”的图是否有用 - 你能看到所有点吗？是兴趣点的密度吗？替代方法包括通过 hexbin 包进行绘图或生成点的二维密度并将其绘制为较低密度的点集。 ggplot2 包内置了很多这样的功能，参见例如以stat__bin2d() 或stat_binhex() 为例。

【讨论】：

【解决方案2】：

正如 Gavin 所说，没有必要为此切换到 knitr，尽管这样做还有其他好处。但是，您甚至不需要编写自己的保存和包含代码； Sweave 可以为您做到这一点。如果初始文档是：

\documentclass{article}
\usepackage[american]{babel}
\begin{document}

<<>>=
n <- 100000
DF <- data.frame(x=rnorm(n), y=rnorm(n))
@

<<gen_fig, fig=TRUE>>=
plot(DF)
@

\end{document}

然后只需将参数更改为图形块，就可以获得 PNG 而不是 PDF：

<<gen_fig, fig=TRUE, png=TRUE, pdf=FALSE>>=
plot(DF)
@

在这个简单的示例中，它将我的最终 PDF 从 685K 缩小到 70K。

【讨论】：

【解决方案3】：

正如已经提到的，您可能应该切换到knitr，这样可以更好地在 pdf 和其他格式之间进行交换。特别是，您应该查看：

knitr 和 sweave 之间的transition guide
global options：这样您就可以轻松地在 pdf、高分辨率 png 和低分辨率 png 之间切换。
caching：仅在需要时生成数字。

以下是使用 PNG 设备的示例：

\documentclass{article}
\begin{document}

<<gen_fig, dev='png'>>=
n <- 100000
DF <- data.frame(x=rnorm(n), y=rnorm(n))
plot(DF)
@

\end{document}

无需为knitr 指定fig=TRUE。如果graphics包中的PNG设备的图像质量不够，您可以轻松切换到其他PNG设备，例如dev='CairoPNG' 或 'Cairo_png'。在 Sweave 中，您只需编写更多代码来做同样的事情。

【讨论】：