使用带有自编译 R 的 RStudio答案

【问题标题】：using RStudio with self compiled R使用带有自编译 R 的 RStudio
【发布时间】：2018-07-13 20:35:26
【问题描述】：

如何让 RStudio 识别我安装到的 R 版本

/opt/R/3.4.3/

通过自己编译 (make install) 和 ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/R /bin/R。在 shell 上执行时，R 工作得很好。只有 RStudio 不识别不同的路径，仍在查看：

/usr/local/lib64/R/bin/exec/R

确切的错误信息：

Feb  3 14:50:18 devbox systemd: Starting RStudio Server...
Feb  3 14:50:18 devbox systemd: Started RStudio Server.
Feb  3 14:50:18 devbox rserver[22411]: ERROR R did not return any output when queried for directory location information; LOGGED FROM: bool rstudio::core::r_util::<unnamed>::detectRLocationsUsingR(const std::string&, rstudio::core::FilePath*, rstudio::core::FilePath*, rstudio::core::config_utils::Variables*, std::string*) /root/rstudio/src/cpp/core/r_util/REnvironmentPosix.cpp:483
Feb  3 14:50:18 devbox rserver[22411]: ERROR system error 71 (Protocol error) [description=Unable to parse version from R, version-info=, r-error=/usr/local/lib64/R/bin/exec/R: error while loading shared libraries: libmkl_gf_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory|||]; OCCURRED AT: rstudio::core::Error rstudio::core::r_util::rVersion(const rstudio::core::FilePath&, const rstudio::core::FilePath&, const std::string&, std::string*) /root/rstudio/src/cpp/core/r_util/REnvironmentPosix.cpp:784; LOGGED FROM: bool rstudio::core::r_util::detectREnvironment(const rstudio::core::FilePath&, const rstudio::core::FilePath&, const std::string&, std::string*, std::string*, rstudio::core::r_util::EnvironmentVars*, std::string*) /root/rstudio/src/cpp/core/r_util/REnvironmentPosix.cpp:678

我意识到（见下面的答案）只要我没有失去当前的 bash 环境，R 就可以工作。执行：

source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64

解决了这个问题。但是，我无法让 RStudio 在启动之前执行此操作。我玩过ExecStartPre=/opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64，但无法正确启动环境

【问题讨论】：

标签： r rstudio rstudio-server

【解决方案1】：

在 Linux 上，RStudio Desktop 和 Open-Source Server 使用 which R 的输出所指向的 R 版本。如果 RStudio 无法使用哪个 R 定位 R，它将回退到显式扫描 /usr/local/bin 和 /usr/bin 目录中的 R 脚本。

如果您想覆盖使用哪个版本的 R，那么您可以将 RSTUDIO_WHICH_R 环境变量设置为您要运行的 R 可执行文件。例如：

export RSTUDIO_WHICH_R=/usr/local/bin/R

见RStudio Support: Using Different Versions of R

【讨论】：

这不是修复它。只安装了一个版本的 R。
但作为大纲，它已经通过软链接指向：/bin/R。
确实：ln -s /opt/R/${R_VERSION}/bin/R /bin/R 就像在最初的帖子中一样。

【解决方案2】：

我需要手动加载

source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64

进入 R 工作的环境，否则链接会被破坏并且 R 将无法启动，这会导致 RStudio 抱怨（带有不是 100% 有用的错误消息）。

【讨论】：