【问题标题】:R crashing while displaying ggplot after update (process memory read out of range)R在更新后显示ggplot时崩溃(进程内存读取超出范围)
【发布时间】:2021-08-10 19:07:51
【问题描述】:

我刚刚更新到 R 4.1.0 并重新安装了我的软件包和 Rstudio(在 Ubuntu 20.04 上)。现在,当我尝试制作任何 ggplot 时,R 内存不足并崩溃。错误消息很长,我无法完全阅读它,因为 R 会话立即中止,但它提到了 "missing nul terminator""process memory read out of range" 和一堆 [XXXX:XXXX:YYYYYYYY,ZZZZZZ,AAAAAA ERROR: elf_dynamic_array_reader.h:61] tag not found 行,最后是 [XXXX:XXXX:YYYYYYYY,ZZZZZZ,AAAAAA] ERROR directory_reader_posix.cc:42] opendir: No such file or directory (2)(其中 X、Y、 Z 和 A 是数字)。

我最初的数据出现了这个错误,但它似乎发生在任何 ggplot 上:

library(ggplot2)

ggplot(mtcars, aes(x = cyl, y = mpg)) + geom_boxplot()

我认为这与实际显示绘图有关,因为当我将绘图保存到变量中然后ggsave() 它时它不会崩溃,并且生成的文件很好。当我在下一行使用ggsave() 的函数中执行ggplot(...) 时也可以。

base R 中的相同图可以正常工作。

boxplot(mpg~cyl, data = mtcars) 

==> 在绘图窗格中显示箱线图

使用install.packages() 重新安装ggp​​lot2 并没有解决问题,我再次尝试sudo apt install ./rstudio-1.4.1106-amd64.deb,但它只是说Rstudio 已经是最新版本。

【问题讨论】:

    标签: r ggplot2 rstudio


    【解决方案1】:

    这个tweet from Kevin Ushey 说:

    PSA:如果您是计划升级到 R 4.1.0 的 RStudio 用户,您可能需要安装 RStudio 的预览版 (https://rstudio.com/products/rstudio/download/preview/) -- 否则,您可能会在尝试使用时看到 RStudio 崩溃ggplot2.

    版本号是“1.4.1714-2 Preview”,远远早于您通过apt 安装的 1.4.1106 版本。该页面上的发行说明包括

    支持即将发布的 R 4.1.0 版本,包括新的 |> 管道、(x) 函数简写和新的图形引擎。

    另一种选择是降级 R 到旧版本;对于 Windows,4.0.5 二进制文件似乎可用here。不幸的是,MacOS download page 似乎只在以前的版本中提供 3.6.3(不是任何 4.0.x 版本)——感觉降级还有很长的路要走。

    【讨论】:

    • “预览”版是什么意思?在安装此版本之前我们应该注意什么?
    • 谢谢 Ben,你知道这是否适用于 Ubuntu 20.04?我只看到它在 rstudio.com/products/rstudio/download/preview 上升级到 Ubuntu 18@
    • “预览版”表示它是一个测试版/未发布版本。它在某处说“预览版通常是稳定的,但请注意这不是正式发布的版本”
    • 它可以在 PopOS 上安装! 20.10;不知道它是否适合你。 (我猜 RStudio 的人正急于获得官方/完全支持的版本......)
    • 谢谢!在 Ubuntu 20.04 上的工作就像一个魅力。我应该停止 ubuntu 自动更新 R 包以防止将来出现这样的中断,
    【解决方案2】:

    我刚刚遇到了同样的问题,并检查了 RStudio 是否有更新。在撰写本文时,他们现在拥有适用于 Debian/Ubuntu 的 1.4.1717 版本(我正在运行 Ubuntu 20)。更新修复了我的 ggplot 问题,并带有相同的警告。

    【讨论】:

    • 谢谢,这解决了我的问题,因此节省了我的时间!
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