RStudio 预览版中编织 Html 的问题

Question

我已经问过相关问题here、here和here。

目标

我有一个长 Rmd 文件（保存在 R 项目中），我想用目录将其编织成 Html 和 PDF。

问题背景

我之前使用的是 RStudio 0.98.501。设置是：

1. 文档顶部没有目录 (TOC) 命令
2. 外部图像的绝对路径
3. cache=TRUE 在全局块选项中

当我单击knitHtml 按钮第一次时，它创建了新文件夹：figures、cache、knitHTML 等。没有问题，一切正常。但后来我决定添加 TOC。使用Rmarkdown Version 2 page 的Output Options 部分，我在最顶部添加了 toc 命令，单击了knitHtml 按钮，但得到的输出与以前完全相同，但没有任何 TOC。所以，我决定升级到 RStudio 预览版。

问题的现状

更新到预览版后，我打开项目并单击knitHtml 按钮。它给出了未找到其中一个外部图像的错误。所以，在谢一辉的建议下，我做了以下事情：

• 复制了 R 在之前创建的所有外部图像和绘图 编织到 Rmd 文件所在的文件夹。这是项目目录中的knitHtml 文件夹。
• 所有外部图像的相对路径
• cache=TRUE 在全局块选项中

然后我点击knitHTML 按钮并得到以下错误：

output file: Trajectory1-new.knit.md
"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" Trajectory1-new.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output Trajectory1-new.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\default.html --variable theme:united --include-in-header C:\Users\durraniu\AppData\Local\Temp\Rtmp0OFfmZ\rmarkdown-str10186bd23276.html --mathjax --variable mathjax-url:https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML --no-highlight --variable highlightjs=C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\highlight 
pandoc.exe: Could not find data file ./Trajectory1-new_files/figure-html/pdf_velocity.png
Error: pandoc document conversion failed with error 97
In addition: Warning messages:
1: In if (grepl(" ", path, fixed = TRUE)) path <- utils::shortPathName(path) :
  the condition has length > 1 and only the first element will be used
2: running command '"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" Trajectory1-new.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output Trajectory1-new.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\default.html --variable theme:united --include-in-header C:\Users\durraniu\AppData\Local\Temp\Rtmp0OFfmZ\rmarkdown-str10186bd23276.html --mathjax --variable mathjax-url:https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML --no-highlight --variable highlightjs=C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\highlight' had status 97 
Execution halted

所以，我尝试了knit PDF，它成功了。输出符合预期。然后我在全局块选项中更改为cache=FALSE并单击knit HTML。花了很长时间（我的文件有很多分析）并给出了带有 TOC 作为输出的 html 文件，这是我所需要的。

我的问题是，当cache=TRUE 在 RStudio 预览版中用于 PDF 时，为什么我必须使用 cache=FALSE 来创建 html？每次只添加一个部分后，我都等不及 15-20 分钟才能看到输出。我该如何解决这个问题？

编辑

以下是头等大事：

---
title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    theme: united
    toc: yes
---

Trajectory: 7:50 am - 8:05 am (t1)
========================================================
```{r setup}
# set global chunk options: 
library(knitr)
opts_chunk$set(cache=TRUE, fig.align='center')
```
```{r alllibraries, echo=FALSE}
library(ggplot2)
library(plyr)
library(data.table)
library(parallel)
library(xtable)
library(ggthemes)
suppressPackageStartupMessages(library(googleVis))
my.theme<-function(base_size = 12, base_family = "Trebuchet MS")
{theme(plot.title = element_text(size = rel(2)), panel.grid.major=element_line(color='grey'), panel.grid.minor=element_line(color='grey', linetype='dashed'), legend.position='bottom', legend.background = element_rect(colour = "black"), strip.text = element_text(size=13, lineheight=2))
}
```

Answer 1

这可能仅作为评论，但它对我有用。

因为我最初是在旧版本的 RStudio (0.98.501) 中创建项目和 Markdown 文档，后来切换到预览版，所以我认为有必要在块选项中指定图形和缓存路径。所以，我做了以下事情：

opts_chunk$set(cache=TRUE, cache.path = 'DocumentName_cache/', fig.path='figure/')

现在，我不必保留 cache=FALSE 来编织 HTML。在预览版中，我现在可以轻松创建目录和更改主题。