什么是等同于 RStudio 的 Knit HTML 的简洁命令行？答案

【问题标题】：What is a neat command line equivalent to RStudio's Knit HTML?什么是等同于 RStudio 的 Knit HTML 的简洁命令行？
【发布时间】：2015-11-17 22:30:06
【问题描述】：

什么是等同于 RStudio 的 Knit HTML 的简洁命令行？给定一个 .Rmd 文件，您可以使用 RStudio 使用 Knitr 编织 .html、.docx 和 .pdf 文件。将这个过程完全转移到命令行会很棒。到目前为止我的方法：

Rscript -e "library(knitr); knit('test.Rmd')"  # This creates test.md
pandoc test.md >> test.html

这很好用，但生成的test.html 并没有像在 RStudio 中那样漂亮。有什么建议应该如何最好地通过命令行将.Rmd 文件编织到.html，并最终得到一个漂亮的.html？

额外问题：.pdf 或 .docx 的最佳命令行解决方案是什么？

【问题讨论】：

看看here，看看 RStudio 在幕后做了什么来制作“漂亮”的 HTML 输出。

标签： r rstudio knitr r-markdown

【解决方案1】：

rmarkdown::render("test.Rmd", "html_document")

【讨论】：

太好了，这行得通！完整的命令行命令为：Rscript -e 'library(rmarkdown); rmarkdown::render("/path/to/test.Rmd", "html_document")'
更短的shell命令，基于@elke上面的精彩评论，使用默认输出格式并删除库调用（与::冗余）Rscript -e "rmarkdown::render('test.Rmd')"
当点击 RStudio 图标时，页面会打开（或者在我的情况下是 PDF）。是否可以在命令行中指定编织后打开PDF？

【解决方案2】：

根据接受的答案，我起草了一个名为“knitter”的 bash 脚本，它将完成所需的一切，用户只需输入：./knitter file.Rmd file.html 或 ./knitter file.Rmd file.pdf。

脚本如下：

#!/bin/sh

### Test usage; if incorrect, output correct usage and exit
if [ "$#" -gt 2  -o  "$#" -lt 2 ]; then
    echo "********************************************************************"
    echo "*                        Knitter version 1.0                       *"
    echo "********************************************************************"
    echo -e "The 'knitter' script converts Rmd files into HTML or PDFs. \n"
    echo -e "usage: knitter file.Rmd file.{pdf,html} \n"
    echo -e "Spaces in the filename or directory name may cause failure. \n"
    exit
fi
# Stem and extension of file
extension1=`echo $1 | cut -f2 -d.`
extension2=`echo $2 | cut -f2 -d.`

### Test if file exist
if [[ ! -r $1 ]]; then
    echo -e "\n File does not exist, or option mispecified \n"
    exit
fi

### Test file extension
if [[ $extension1 != Rmd ]]; then
    echo -e "\n Invalid input file, must be a Rmd-file \n"
    exit
fi

# Create temporary script
# Use user-defined 'TMPDIR' if possible; else, use /tmp
if [[ -n $TMPDIR ]]; then
    pathy=$TMPDIR
else
    pathy=/tmp
fi
# Tempfile for the script
tempscript=`mktemp $pathy/tempscript.XXXXXX` || exit 1

if [[ $extension2 == "pdf" ]]; then
    echo "library(rmarkdown); rmarkdown::render('"${1}"', 'pdf_document')" >> $tempscript
    Rscript $tempscript
fi
if [[ $extension2 == "html" ]]; then
    echo "library(rmarkdown); rmarkdown::render('"${1}"', 'html_document')" >> $tempscript
    Rscript $tempscript
fi

【讨论】：

为此编写一个脚本是个好主意。不幸的是你的脚本有一些错误（例如第二个参数是必需的，但基本上被忽略了 - 只考虑文件扩展名；脚本需要bash，但以!/bin/sh等开头），所以我创建了一个@987654321 @。现在第二个参数指定输出格式。
感谢您让我保持警惕！

【解决方案3】：

我更简单的命令行脚本，类似于 Tyler R. 的：

在您的.profile 或类似名称中，添加：

function knit() {
    R -e "rmarkdown::render('$1')"
}

然后，在命令行中输入knit file.Rmd

编辑：对于漂亮的自动完成，请参阅 cmets

我在 Rmd 标头中设置了输出格式：output: github_document 或类似

【讨论】：

这样简单高效。将制表符补全限制为 .Rmd 文件也很有用，以节省一些输入。
是的，期待未来的读者添加此自动完成功能！
@baxx 我使用 bash，所以我在 .bashrc 中添加了一些东西，而不是 .profile。我添加了complete -f -X '!*.Rmd' knit。参见示例：github.com/Freguglia/dotfiles/blob/…

【解决方案4】：

getwd()
setwd("C:Location of the RMD File")

# To make it in to PDF you can use the below code also
rmarkdown::render("Filname.Rmd")

# To make it in to PDF you can use the below code also
rmarkdown::render("Filename", "pdf_document")

我将上述内容输入到 R 脚本中并从 Python 命令提示符触发它并解决了我的要求:) 请注意：如果它不起作用..尝试安装乳胶并重试..一切顺利:)

【讨论】：