`R CMD Sweave myfile.rnw` 的 knitr 等价物是什么？

Question

什么是命令行knitr 等效于R CMD Sweave myfile.rnw？

Answer 1

我有一个 knitme.R 脚本：

library(knitr)
render_html()
source("hooks.R") # mods to defaults
inFile = commandArgs(trailingOnly=TRUE)[1]
outFile = commandArgs(trailingOnly=TRUE)[2]
knit(inFile,output=outFile)

这样我就可以做

Rscript knitme.R $SOURCE $TARGET

$SOURCE 和 $TARGET 是必需的。

您也可以将其集成到 Make 中，因此您有一个规则，您所要做的就是：

make myfile.html

它会转到myfile.Rhtml 并生成 HTML 文件。调整以从 .Rnw 制作 PDF

我将它与 SCons 一起使用而不是 Make，所以我有一个稍微复杂一点的 Sconscript 文件（部分原因是我才刚刚开始学习使用 SCons，所以可能有点笨拙）

env=Environment()
bld = Builder(action = '/usr/bin/Rscript knitme.R $SOURCE $TARGET',
              suffix='.html',
              src_suffix='Rhtml')
env.Append(BUILDERS = {'Knit' : bld})
env.Knit(source='test.Rhtml',target='test.html')

那么我需要做的就是：

scons test.html

如果test.Rhtml 发生变化，我会从test.Rhtml 得到test.html。

这是 Sconstruct 文件的所有部分，该文件基于各种其他依赖项构建整个网站并将其复制到服务器。

现在跑题了……

Answer 2

要添加到其他答案，如果您想编织/渲染文件并在一行中打开输出，您可以使用：

Rscript -e "rmarkdown::render('file.Rmd')" & open file.pdf

我更喜欢在一行中完成所有操作，因为作为可重复使用的 Vim 命令运行更简单。

如果您想使用系统的非默认设置，也可以将open 替换为特定的应用程序。如果我在 Windows 上并且想要使用 Sumatra 覆盖当前打开的 PDF 输出，我倾向于使用它（所以我不必每次都记得关闭它）。

Answer 3

R CMD knit file.Rmd

直接相当于R CMD Sweave file.Rmd

最近在 rmarkdown 和 knitr 中有增强的功能来处理这种肮脏的工作。对于幻灯片，我一直使用 Rmarkdown YAML 标头来指定预期的输出格式，命令行是基本的，比如

R -e "library(rmarkdown); render(\"file.Rmd\")"

Answer 4

通用解决方案（无论 R 版本如何）：

Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.Rmd')"

从 R 3.1.0 开始，R CMD Sweave 开始支持非 Sweave 文档（虽然命令名称听起来有点奇怪），您唯一需要做的就是在文档中指定一个小插图引擎，例如

%\VignetteEngine{knitr::knitr}

要查看 knitr 中可能的小插图引擎，请使用

library(knitr)
library(tools)
names(vignetteEngine(package = 'knitr'))
# "knitr::rmarkdown" "knitr::knitr" "knitr::docco_classic" "knitr::docco_linear"