无法在 R 中安装插入符号包答案

【问题标题】：Can't install caret package in R无法在 R 中安装插入符号包
【发布时间】：2019-04-15 18:20:54
【问题描述】：

我尝试了多种方法在 R 中安装 caret 包。我收到的错误信息如下：

错误：loadNamespace(j

当我尝试安装 dimRed 时，我收到以下消息：

Installing package into ‘C:/Users/Thomas/Documents/R/win-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  dependency ‘Biobase’ is not available

  There is a binary version available but the source version is later:
   binary source needs_compilation
dimRed  0.1.0  0.2.1             FALSE

installing the source package ‘dimRed’

trying URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/dimRed_0.2.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 363025 bytes (354 KB)
downloaded 354 KB

错误：依赖项“Biobase”不适用于包“dimRed” * 删除 'C:/Users/Thomas/Documents/R/win-library/3.4/dimRed' 在 R CMD 安装 install.packages 中的警告：运行命令 '"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.4/bin/x64/R" CMD INSTALL -l "C:\Users\Thomas\Documents\R\win-library\3.4" C:\ Users\Thomas\AppData\Local\Temp\RtmpqKhsKn/downloaded_packages/dimRed_0.2.1.tar.gz' 的状态为 1 install.packages 中的警告：软件包“dimRed”的安装具有非零退出状态

下载的源码包在 ‘C:\Users\Thomas\AppData\Local\Temp\RtmpqKhsKn\downloaded_packages’

根据之前的帖子，我已经更新了 RStudio。我已尝试从 install_url 进行安装。

欢迎提出任何建议。

【问题讨论】：

你试过先安装biobase吗？安装帮助见documentation
这些是令人困惑的消息。 Biobase 是一个 Bioconductor 软件包。根据its CRAN page，插入符号似乎不需要它，也不需要 dimRed。听起来您当前的 R 环境只是一团糟。我会重新启动 R 并重试。
caret 所需的软件包之一（并且其中有很多）可能确实将 dimRed 作为依赖项。我刚刚安装了caret，并且在依赖阶段安装了 dimRed。 Si建议重新安装我的是浪费时间。（我确实已经安装了 Biobase。）
我运行了 install.packages("dimRed", dependencies = T)，现在我的基本错误消息已更改为 -> library("caret") 错误：'caret' 的包或命名空间加载失败在 loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) 中：没有名为“Biobase”的包。当我尝试安装 Biobase 时，我被告知它在 R3.4.4 上不可用。有什么想法吗？
我遇到了类似的问题。就我而言，正如@neilfws 所提到的，一些库可能在我正在进行的 RStudio 会话中打开。我刚刚重新启动了 RStudio，使用了install.packages("caret", dependencies = TRUE)，一切都很好。

标签： r rstudio r-caret

【解决方案1】：

警告...

install.packages("BiocManager")

这仅适用于您的 R 版本 >= 3.5.0

对于信息，我在 Centos 和 Windows 下遇到了同样的问题。在 3.5.1 R 版本的 Windows 上解决了问题。在centOS（3.4.2）上还没有解决

【讨论】：

【解决方案2】：

我能够弄清楚这一点。简单地输入 install.packages 是行不通的。为了安装 Biobase，您必须在 R 控制台中运行以下代码：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Biobase", version = "3.8")

完成此步骤后，我再次使用插入符号安装

install.packages("caret",dependencies = T)

然后它起作用了。

【讨论】：

我和提问者有同样的问题。我尝试了这个，一旦我尝试了library(caret)，我得到了与提问者相同的第一个错误。
可能与 R 版本有关，正如之前的回复所指出的那样。我在 Windows 10 Pro 下使用 R 版本 3.5.1 (2018-07-02)。我使用了 install.packages("caret",dependencies = T)。你可以试试这个，看看除了 Biobase 包之外是否有任何依赖项。