更新在 IPython/Jupyter 中使用的 R答案

【问题标题】：Updating R that is used within IPython/ Jupyter更新在 IPython/Jupyter 中使用的 R
【发布时间】：2016-07-20 09:41:30
【问题描述】：

我想在 Jupyter Notebook 中使用 R，所以我通过 R Essentials 安装（请参阅：https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r）。安装的版本如下：

R.Version()

Out[2]:
$platform
"x86_64-w64-mingw32"
$arch
"x86_64"
$os
"mingw32"
$system
"x86_64, mingw32"
$status
""
$major
"3"
$minor
"1.3"
$year
"2015"
$month
"03"
$day
"09"
$svn rev
"67962"
$language
"R"
$version.string
"R version 3.1.3 (2015-03-09)"
$nickname
"Smooth Sidewalk"

我尝试更新 R 并安装一些软件包（例如 RWeka）但无济于事。我已经寻找了各种来源，但似乎没有任何东西可以为我指明正确的方向。有谁知道该怎么做？

我的主要动机是尝试使用 R 库，但会收到如下警告：

library("RWeka")

Warning message:
: package 'RWeka' was built under R version 3.2.4Warning message:
In unique(paths): bytecode version mismatch; using eval

【问题讨论】：

我相信它会使用您系统上的任何 R 版本；您只需要从 R 应用程序中更新（如果您的构建有它）或直接从 CRAN 下载新版本。

标签： r ipython jupyter

【解决方案1】：

如果您想继续使用 conda 包，请尝试 conda update --all，但我认为仍然没有适用于 windows 的 R 3.2.x 包。

您也可以通过 r-project.org 提供的二进制安装程序安装 R，手动安装 R 内核；例如通过

install_github("irkernel/repr")
install_github("irkernel/IRdisplay")
install_github("irkernel/IRkernel")

然后让这个内核在笔记本中可用

IRkernel::installspec(name = 'ir32', displayname = 'R 3.2')

【讨论】：

【解决方案2】：

简而言之，您可以在机器上更新 R，从 anaconda 环境中运行 R 控制台，然后运行下面的步骤 5 和 6。这将更新在您的 anaconda 环境中运行的 R 版本。

有关分步说明，请参阅以下内容：

1.在 R 控制台中更新最新的 R 版本。参考this post。

2.使用以下命令在终端或 Anaconda 提示符中激活所需的 Anaconda 环境。确保将替换为 Jupyter 环境的名称。

conda activate my_env

3. 使用 R 控制台找出您的：

R.home("bin")

注意：如果您得到一个缩短的路径名，例如“C:/PROGRA~1/R/R-40~1.2/bin/x64”，请使用您的文件资源管理器（或任何其他方法）找到正确的长路径名)。

4.现在在终端或 Anaconda 提示符下在您的 anaconda 环境中执行 R 控制台。将您自己的与以下命令一起使用。

在 Linux 终端中：

sudo <R_execution_path>/R

例如：

sudo /Library/Frameworks/R.framework/Resources/bin/R

或

对于在 Anaconda 提示符下的 Windows（以管理员身份运行并激活 my_env）：

cd <R_execution_path>
R.exe

例如：

cd 'C:\Program Files\R\R-4.0.2\bin\x64\'
R.exe

5.现在在 Jupyter 环境中的 R 控制台中运行以下命令

install.packages("IRkernel")
IRkernel::installspec()
q()

6.重启你的 Jupyter 笔记本

jupyter notebook

【讨论】：