【问题标题】：Invalid version specification on Shiny appShiny 应用上的版本规范无效
【发布时间】：2020-08-05 06:52:53
【问题描述】：

当我尝试将我的（网状驱动的）Shiny 应用程序部署到 shinyapps.io 时，我收到以下错误：

Error in value[[3L]](cond) : invalid version specification ‘20.1b1’
Calls: local ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

虽然它不是明确的，但我认为错误是指我从未明确指定的 pip 版本。

这是 ui 和 server 函数之前的代码部分：

library(reticulate)
library(shiny)

virtualenv_create(envname = "elicit", python="python3")
virtualenv_install("elicit", packages = c('numpy', 'Gpy'))
use_virtualenv("elicit", required = TRUE)

当我将它与来自 UI 和服务器的任何 Python 相关代码一起注释掉时，一切正常。

如何设置网站请求的有效版本？我看到 reticulate::virtualenv 有一个 pip_options 参数，但我找不到有关如何使用它的有用文档。

我也不太擅长设置虚拟和 conda 环境，所以我很可能会遗漏一些基本步骤。

更新

我注意到，如果我切换 use_virtualenv 和 virtualenv_install 调用的顺序，我会得到一个不同的错误：

ERROR: The requested version of Python
('~/.virtualenvs/elicit/bin/python') cannot be used, as another version
of Python ('/usr/bin/python3') has already been initialized. Please
restart the R session if you need to attach reticulate to a different
version of Python.
Error in value[[3L]](cond) : 
  failed to initialize requested version of Python
Calls: local ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne -> <Anonymous>
Execution halted

我已经尝试了所有我能想到的方法，但我也无法解决这个问题。

【问题讨论】：

标签： python r shiny pip shinyapps

【解决方案1】：

我实际上找到了解决此问题的方法。由于 pip 的错误版本会在您创建 virtualenv 后立即安装，因此我强行卸载了它，然后安装了在我构建应用程序时可以使用的版本。这是我使用的代码：

virtualenv_create(envname = "python_environment", python = "python3")
virtualenv_remove(envname = "python_environment", packages = "pip")
virtualenv_install(envname = "python_environment", packages = c("pip==19.0.3","numpy","nltk","torch"), ignore_installed = TRUE)
use_virtualenv("python_environment", required = TRUE)

【讨论】：

这无疑给了我进步，但现在我收到“没有名为 'numpy' 的模块”错误（即使软件包是按照您的代码安装的）。然后，如果我在 app.R 中添加 py_install("numpy")，我会收到“找不到 /usr/bin/python3 的 Python 环境”错误。我觉得我错过了一些基本步骤。
这很奇怪，numpy肯定应该通过virtualenv中的代码安装。虽然很难在没有看到您的代码的情况下判断问题出在哪里。通过source_python 使用 reticulate 检查您导入到 R 的 Python 函数可能问题出在代码的 Python 部分而不是 Shiny
我终于让它工作了。诀窍是在包含 Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "~/.virtualenvs/python_environment/bin/python3") 的 Shiny 根文件夹中创建一个 .Rprofile 文件，仅此而已。我以为我可以将该路径作为rsconnect::deployApp 的python 参数传递，但似乎并非如此。在我这样做之后，甚至不需要重新安装 pip。
您好，我也遇到了同样的问题，添加您提供的代码后，错误消失了，但出现了新错误：sh: 1: /home/shiny/.virtualenvs/python35_env /bin/pip：未找到错误：安装软件包时出错：“pip”执行已停止。你知道这背后发生了什么吗？

【解决方案2】：

我将此作为对已接受答案的评论，但我也将其作为答案发布，以提高知名度和进一步解释。

最终对我的案例起作用的是创建一个包含以下行的 .Rprofile 文件：

Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON = "~/.virtualenvs/elicit/bin/python3")

该文件应与app.R 位于同一文件夹中，并应部署到远程服务器。最终的 app.R 文件看起来就像问题中发布的那样。

更新：这最终再次崩溃，对我来说修复它的是删除并重新安装 pip（正如 theThalamus 所指出的那样），但没有指定 pip 版本。所以app.R 看起来像这样：

virtualenv_create(...)  # create virtual environment
virtualenv_remove(envname = "python_environment", packages = "pip")
virtualenv_install(envname = "python_environment", packages = "pip")
virtualenv_install(...)  # install other packages

这两个 virtualenv_install 实例可能可以合并，但我决定将它们分开以突出显示修复。

【讨论】：