如何为 R 包获取 rmarkdown 小插图以逃避 Solaris 和 OSX 上的 CRAN 警告

Question

我在 CRAN 上有几个 R 包，它们对 Solaris（有时是 OSX）发出警告，这些警告与 pandoc 无法用于小插图构建有关。例如，这里是 ggseas results on CRAN 和 source code for the vignette - 与提交给 CRAN 的版本略有不同，但没有任何相关的方式。

粗略的谷歌搜索表明这个问题很常见。也很容易在 GitHub 上为单个包找到十几个问题，但我找不到任何表明解决方案的东西。据推测，CRAN 维护人员只是让这个过去，但如果是这样的话，那就不整洁了。我不喜欢勾选“我已经解决了上次提交的任何注释和警告”的方框。

现在，一些幸运或技术娴熟的人拥有不会导致此问题的 rmarkdown 小插曲。例如，tidyr vignette 执行 not have any warnings for Solaris and OSX on CRAN。但我在 tidyr 小插图的序言中看不出有什么不同：

---
title: "Tidy data"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Tidy data}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

或者在包含这一行的DESCRIPTION文件中，

VignetteBuilder: knitr

这与我的引发警告的小插图不同。这是我所拥有的：

---
title: "ggseas - seasonal decomposition on the fly"
author: "Peter Ellis"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{ggseas - seasonal decomposition on the fly}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
---

我在DESCRIPTION文件的“建议”中也有knitr和rmarkdown，这是在各种问题讨论中提到的一种解决方案（通常后跟“但它不能解决它”）。

我错过了什么？避免在 CRAN 上创建这些警告的秘诀是什么？不幸的是，尝试这个并不容易，所以如果我们能在这里为所有受此困扰的人提供明确的答案，那就太好了。

编辑/添加 - 完整的说明文件

Hadley Wickham 认为问题很可能出在包的 DESCRIPTION 文件中，而不是小插图本身。

这是ggseas的说明文件，这是一个产生警告的包：

Package: ggseas
Title: 'stats' for Seasonal Adjustment on the Fly with 'ggplot2'
Version: 0.5.4
Authors@R: c(
   person("Peter", "Ellis", , "peter.ellis2013nz@gmail.com", c("aut", "cre")),
   person("Christophe", "Sax", role = "ctb")
   )
Maintainer: Peter Ellis <peter.ellis2013nz@gmail.com>
Description: Provides 'ggplot2' 'stats' that estimate seasonally adjusted series 
    and rolling summaries such as rolling average on the fly for time series.
Depends:
    R (>= 3.1.2), 
    ggplot2 (>= 2.0.0)
Imports:
    seasonal, 
    rlang,
    stats,
    zoo
License: GPL-3
LazyData: true
RoxygenNote: 6.0.1
BugReports: https://github.com/ellisp/ggseas/issues
Suggests: testthat,
    knitr,
    rmarkdown
VignetteBuilder: knitr

这里是tidyr的描述文件，不会产生警告的包：

Package: tidyr
Title: Easily Tidy Data with 'spread()' and 'gather()' Functions
Version: 0.8.1.9000
Authors@R: c(
    person("Hadley", "Wickham", , "hadley@rstudio.com", c("aut", "cre")),
    person("Lionel", "Henry", , "lionel@rstudio.com", "aut"),
    person("RStudio", role = "cph")
    )
Description: An evolution of 'reshape2'. It's designed specifically for data
    tidying (not general reshaping or aggregating) and works well with
    'dplyr' data pipelines.
License: MIT + file LICENSE
URL: http://tidyr.tidyverse.org,
    https://github.com/tidyverse/tidyr
BugReports: https://github.com/tidyverse/tidyr/issues
Depends: 
    R (>= 3.1)
Imports: 
    dplyr (>= 0.7.0),
    glue,
    magrittr,
    purrr,
    Rcpp,
    rlang,
    stringi,
    tibble,
    tidyselect
Suggests: 
    covr,
    gapminder,
    knitr,
    rmarkdown,
    testthat
LinkingTo: 
    Rcpp
VignetteBuilder: knitr
LazyData: true
Roxygen: list(markdown = TRUE)
RoxygenNote: 6.0.1

第二次编辑/添加 - 可在 rhub 上重现

这是我在 Solaris 平台上使用 rhub::check(...) 时看到的内容。这里有一些线索表明问题与图像有关，这与one suggestion on Twitter 相符（tidyr 小插图没有图像）。由于没有图像（这是一个图形包）在我的小插图中没有意义，这可能会让我难过。

✔  checking package vignettes in ‘inst/doc’
─  checking running R code from vignettes ...
      ‘ggseas.Rmd’ using ‘UTF-8’ ... OK
    NONE
W  checking re-building of vignette outputs
   Error in re-building vignettes:
     ...
   Warning in engine$weave(file, quiet = quiet, encoding = enc) :
     Pandoc (>= 1.12.3) and/or pandoc-citeproc not available. Falling back to R Markdown v1.
   Warning in (function (filename = "Rplot%03d.png", width = 480, height = 480,  :
     unable to open connection to X11 display ''
   Quitting from lines 47-49 (ggseas.Rmd) 
   Error: processing vignette 'ggseas.Rmd' failed with diagnostics:
   unable to start device PNG
   Execution halted

Answer 1

好久不见，问题好像还没解决。

我的一个 imputeTS 包 (vignette) 上也有一个 R 降价小插图。它有很多用 ggplot2 创建的图像，所以我不认为问题出在一般的图像上。

我对 .Rmd 文件有完全相同的注释

MARKDOWN .Rmd 文件：

---
title: "Gallery: Times Series Missing Data Visualizations"
author: "Steffen Moritz"
date: "`r Sys.Date()`"
output: rmarkdown::html_vignette
vignette: >
  %\VignetteIndexEntry{Gallery: Times Series Missing Data Visualizations}
  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
  %\VignetteEncoding{UTF-8}
--- 

但是，我的描述与你的略有不同：

说明

Suggests:
    testthat,  R.rsp, knitr, zoo, timeSeries, tis, xts, tibble, tsibble, rmarkdown
License: GPL-3
VignetteBuilder: R.rsp, knitr, rmarkdown

如您所见，rmarkdown 也被额外添加为 VignetteBuilder。你能不能试试这个。一些 Github 问题也表明这可能与问题有关 (https://github.com/r-lib/usethis/issues/1147)