等效于 ggplot2 的箱线图中的“范围”

Question

我试图让 ggplot2 的 geom_boxplot 的胡须覆盖异常值。异常值事实上不会显示为点，因为它们被箱线图包围。

如果我使用标准的“箱线图”，我会使用：

boxplot(x, range=n)

其中 n 将是一个很大的数字，因此箱线图的胡须不会显示异常值，而是 扩展 以覆盖异常值。

如何使用 ggplot2 来完成？ 我试过了：

ggplot(myDF, aes(x=x, y=y)) +
geom_boxplot(range = 5)

注意：我不想使用以下方法丢弃异常值：

geom_boxplot(outlier.shape = NA) 

Answer 1

我想，这个问题仍然是相关的，因为这个页面在谷歌搜索的前 3 名中关于那个异常值问题。所以：

处理异常值的更简单方法是（至少在 2016 年 4 月 4 日的最新 ggplot 中）是使用“coef”：

... + geom_boxplot(coef = 5)

来自手册（?geom_boxplot 输出复制粘贴如下）：

coef 晶须长度，为 IQR 的倍数。默认为 1.5

详情

上胡须从铰链延伸到最高值，即 在铰链的 1.5 * IQR 内，其中 IQR 是四分位数范围， 或第一和第三四分位数之间的距离。下晶须 从铰链延伸到 1.5 * IQR 内的最小值 合页。超出胡须末端的数据是异常值，并绘制为 点（由 Tukey 指定）。

在缺口箱线图中，缺口延伸 1.58 * IQR / sqrt(n)。这 给出大约 95 见 McGill 等人。 (1978) 了解更多详情。

Answer 2

我知道的唯一方法是像这样自己计算框值：

library(plyr)
xx <- ddply(mtcars,.(cyl),
            transform,
            ymin = min(mpg),
            ymax = max(mpg),
            middle = median(mpg),
            lower = quantile(mpg,0.25),
            upper = quantile(mpg,0.75))

ggplot(data = xx,aes(x = factor(cyl))) + 
    geom_boxplot(aes(ymin = ymin,ymax = ymax,middle = middle,upper = upper,lower= lower),
                 stat = 'identity')

ddply 调用中有一些警告，但您应该可以安全地忽略它们。