如何在 Ubuntu 16.04 和 17.04 上安装 Tidyverse

Question

我正在运行 Ubuntu 16.04 [现在是 17.04：请参阅下面的粗体注释] 和 R 3.4.1。我今天早上安装了后者，所以我认为它是最新版本。我想安装 Tidyverse，我在 Windows 下度过了许多快乐时光。但是，当我执行 install.packages("tidyverse") 时，我收到有关 gcc 无法识别的命令行选项的错误。这些在安装命中 colorspace 和 munsell 包时开始。我将在本文末尾展示一个示例，仅用于 munsell。

我没有发现其他人在 Ubuntu 16.04 上遇到过这个问题。但是有类似问题的人的帖子表明我的 gcc 可能是一个太旧的版本，无法识别选项 -fstack-protector-strong 和 -Wdate-time。

我想到的可能的解决方法：

1) 将 Ubuntu 更新到 16.10 或 17.04，希望其中一个具有合适的 gcc。但是，我在这里遇到了我缺乏 Ubuntu 专业知识的问题：特别是，我似乎必须升级两次，一次升级到 16.10，然后再次升级到 17.04。我什至无法将系统升级到 16.10：https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes 推荐的步骤，“从 Ubuntu 16.04 LTS 升级”，尝试时找不到升级。另外，我不确定这些 Ubuntu 中是否有合适的 gcc。

次日添加：虽然我昨天尝试通过关注https://wiki.ubuntu.com/YakketyYak/ReleaseNotes 升级 Ubuntu 没有任何效果，但它们今天确实奏效了。也许是缓存问题？所以我现在有了 Ubuntu 17.04。但是，我在尝试安装 Tidyverse 时仍然遇到同样的错误。

2) 找到不需要这些编译器选项的旧版 Tidyverse。

3) 升级我的 Ubuntu 的 gcc。但我不知道这是否会破坏我机器上需要较旧 gcc 的其他软件。

4) 为 Tidyverse 安装一个新的 gcc，并以某种方式使用路径来欺骗安装程序调用它，也许可以遵循 https://askubuntu.com/questions/466651/how-do-i-use-the-latest-gcc-on-ubuntu 中的建议。但这听起来很冒险。

5) 废弃 Ubuntu 并在 Windows 上完成我所有的工作。我知道人们嘲笑“Micro$oft”，但至少在 Windows 上，我不会在 Linux arcana 上浪费一个上午，并且可以完成我的工作，那就是 R。这感觉太像牧师在@他们的咒语987654324@，“软件设计：一个寓言”。只是说...

实际使用这些版本的 R 和 Ubuntu 的人有什么建议吗？

这是一个失败的安装：

`> install.packages("munsell") 将软件包安装到“/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4” （因为“lib”未指定） 还安装了依赖“colorspace” 尝试 URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/colorspace_1.3-2.tar.gz' 内容类型 'application/x-gzip' 长度 293433 字节 (286 KB) ==================================================== 已下载 286 KB 尝试 URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/munsell_0.4.3.tar.gz' 内容类型 'application/x-gzip' 长度 97244 字节 (94 KB) ==================================================== 已下载 94 KB * 安装 *source* 包 ‘colorspace’ ... ** 包‘colorspace’成功解包并检查MD5总和 ** 库 gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -fpic -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c colorspace .c -o 颜色空间.o gcc：错误：无法识别的命令行选项'-fstack-protector-strong' gcc：错误：无法识别的命令行选项'-Wdate-time' /usr/lib/R/etc/Makeconf:159：目标“colorspace.o”的配方失败 制作：*** [colorspace.o] 错误 1 错误：包“colorspace”的编译失败 * 删除‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/colorspace’ install.packages 中的警告： 安装包“colorspace”的退出状态非零 错误：依赖项“colorspace”不适用于包“munsell” * 删除‘/home/popx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/munsell’ install.packages 中的警告： 软件包“munsell”的安装具有非零退出状态 下载的源码包在 '/tmp/RtmpQ8FW70/downloaded_pa​​ckages' 警告信息： 此版本的 RStudio 不支持 R 图形引擎版本 12。在安装较新版本的 RStudio 之前，绘图选项卡将被禁用。

Answer 1

在某些情况下，我发现我需要安装 Ubuntu 软件包。为了安装我添加的 Tidyverse

sudo apt-get install r-cran-curl r-cran-openssl r-cran-xml2

安装这些包后，我可以安装 Tidyverse。

Answer 2

我遇到了同样的问题，使用基于 ubuntu 16.04 的基本 loki。阅读输出，我意识到有一个非常有用的错误消息，看起来像这样

    ------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libssl_dev (Solaris)
 * brew: openssl@1.1 (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a openssl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'

所以我按照每个提示安装了所需的 deb，结果是

sudo apt-get install libssl-dev libxml2-dev libcurl4-openssl-dev 

在我已经尝试安装上面列出的 cran 包之后它起作用了，而不添加新的存储库。

Answer 3

我相信在尝试安装 tidyverse 软件包时遇到了类似的问题。 作为 Linux 的新手和 R 的新手，我按照CRAN Project's homepage 上的 Ubuntu 安装说明进行操作。当我安装 R 时，我故意跳过了 r-base-dev 包的安装，因为它说它是为“包维护者”准备的。我并没有真正阅读后面的部分，也没有理解自己编译包的必要性。

无论如何，安装r-base-dev 包，并允许我安装 Tidyverse 包没有问题。让它工作的完整步骤应该如下所示。在终端中执行以下步骤（步骤 1-3 可能需要也可能不需要，但我已添加它们以防万一）：

1. 在您的/etc/apt/sources.list 文件中添加deb https://<my.favorite.cran.mirror>/bin/linux/ubuntu artful/，替换为您最喜欢的CRAN 镜像的实际URL。有关 CRAN 镜像列表，请参阅 https://cran.r-project.org/mirrors.html。

2. 将存储库密钥添加到您的系统：

   sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
   

   另一种方法可以通过检索密钥来使用

   gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9
   

   然后将其提供给 apt-key

   gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -
   

3. 要安装完整的 R 系统，请使用

   sudo apt-get update
   sudo apt-get install r-base
   

4. 然后是我错过的步骤，这证明能够编译 Tidyverse 包中的包至关重要，即安装 r-base-dev 包：

   sudo apt-get install r-base-dev
   

5. 然后在RStudio中执行包安装命令：

   install.packages(tidyverse)
   

希望这对您也有用。阅读 CRAN 项目主页上的安装指南，了解有关安装过程的更多信息。