为什么我的 Primer3/eprimer3 Mac OSX 版本中出现此错误？答案

【问题标题】：Why am I getting this error in my Primer3/eprimer3 Mac OSX build?为什么我的 Primer3/eprimer3 Mac OSX 版本中出现此错误？
【发布时间】：2012-04-09 14:26:24
【问题描述】：

我的 mac osx 版本出现此错误。

Primer3/eprimer3 问题：

Error: thermodynamic approach chosen, but path to thermodynamic parameters not specified

发件人：

http://www.mcardle.wisc.edu/mprime/help/primer3/primer3_manual.htm#globalTags

PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH (string; default ./primer3_config)

此标签指定包含热力学方法使用的所有参数文件的目录的路径。在 Linux 中，如果未定义此标记，则会测试两个默认位置：./primer3_config/ 和 /opt/primer3_config/。对于 Windows，只有一个默认位置：.\primer3_config\。

我将primer3_config 放在bin 的PATH 中，但仍然无法解决此问题。我什至做到了：

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src

和

export PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/Users/jared/Downloads/primer3-2.3.2/src/primer3_config

无济于事。

【问题讨论】：

标签： macos build primer3

【解决方案1】：

根据primer3手册：

1.5. IMPORTANT: because PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1 
PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH 必须指向正确的位置。此标记指定包含所有热力学方法使用的参数文件。在 Linux 中，有是两个 default 位置，如果此标记不是则测试定义：./primer3_config/ 和 /opt/primer3_config/。对于 Windows，只有一个默认位置：.\primer3_config。如果参数文件不在这些位置之一，请务必设置 PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH。

因此，如果您使用Make 命令下载并编译primer3 表单源，要让primer3 全局运行，您需要将可执行文件primer3_core 复制到您的路径并将配置目录primer3_config 放在其中同一目录或/opt/primer3_config

cd src
sudo cp primer3_core /usr/local/bin # or /usr/bin
sudo cp -r primer3_config /opt/

【讨论】：

【解决方案2】：

我也有同样的问题。我使用 homebrew-science 安装了 Primer 3，这非常轻松。 https://github.com/Homebrew/homebrew-science

我确实尝试将 primer3_config 目录复制到 homebrew prime3 目录中，即：

/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config 但这也不起作用。

最后，我将 PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH 配置添加到了primer 3 输入文件中，这很有效。请注意，目录名称必须有一个斜杠。它是下面文件中的最后一个条目，它是从primer3 源中的example 文件复制而来的。

SEQUENCE_ID=example
SEQUENCE_TEMPLATE=GTAGTCAGTAGACNATGACNACTGACGATGCAGACNACACACACACACACAGCACACAGGTATTAGTGGGCCATTCGATCCCGACCCAAATCGATAGCTACGATGACG
SEQUENCE_TARGET=37,21
PRIMER_TASK=pick_detection_primers
PRIMER_PICK_LEFT_PRIMER=1
PRIMER_PICK_INTERNAL_OLIGO=1
PRIMER_PICK_RIGHT_PRIMER=1
PRIMER_OPT_SIZE=18
PRIMER_MIN_SIZE=15
PRIMER_MAX_SIZE=21
PRIMER_MAX_NS_ACCEPTED=1
PRIMER_PRODUCT_SIZE_RANGE=75-100
P3_FILE_FLAG=1
SEQUENCE_INTERNAL_EXCLUDED_REGION=37,21
PRIMER_EXPLAIN_FLAG=1
PRIMER_THERMODYNAMIC_PARAMETERS_PATH=/usr/local/Cellar/primer3/2.3.4/bin/primer3_config/
=

然后像这样运行它：

$ primer3_core < example2

【讨论】：