在 r 的 vegan 中保存排序对象答案

【问题标题】：Saving ordination object in vegan in r在 r 的 vegan 中保存排序对象
【发布时间】：2012-09-12 00:23:20
【问题描述】：

如何保存 MDS 对象以供下一次 R 会话使用？因为 metaMDS() 函数使用了多次随机重启，所以每次都会产生略有不同的答案。我需要输出在 R 的多个会话中保持一致。我怎样才能做到这一点？谢谢

我所指的排序对象类型的示例：

data(dune)
sol <- metaMDS(dune)
sol

【问题讨论】：

标签： r save vegan

【解决方案1】：

@csgillespie 展示了如何使metaMDS() 的结果可重现。在您使用metaMDS() 或在 R 或其他软件中使用伪随机数生成器的任何其他函数时，应始终设置伪随机数生成器种子，否则您将无法重现结果。

但是，某些metaMDS() 拟合可能需要大量计算时间，因此将结果对象序列化到磁盘是一种选择。为此，您需要 save() 或 saveRDS()。两者的区别在于前者 (save()) 保存了包括其名称在内的整个对象。 saveRDS() 只序列化对象本身，而不是当前会话中的对象名称。

load()可以用来恢复save()保存的对象。它将对象加载到当前会话中，并将覆盖具有相同名称的对象。 readRDS()用于加载saveRDS()序列化的对象。

require("vegan")
## The recommended way of running NMDS (Minchin 1987)
##
data(dune)
## Global NMDS using monoMDS
## set the seed
set.seed(1)
sol <- metaMDS(dune)

save(sol, file = "my_sol.rda")
ls()
rm(sol)
load("my_sol.rda")
ls()

saveRDS(sol, file = "my_sol.rds")
ls()
sol2 <- readRDS("my_sol.rds")
ls()
all.equal(sol, sol2)

一些相关的输出是：

>     save(sol, file = "my_sol.rda")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
>     rm(sol)
>     load("my_sol.rda")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
> 
>     saveRDS(sol, file = "my_sol.rds")
>     ls()
[1] "dune" "sol" 
>     sol2 <- readRDS("my_sol.rds")
>     ls()
[1] "dune" "sol"  "sol2"
>     all.equal(sol, sol2)
[1] TRUE

【讨论】：

非常感谢您的课程和解决方案！

【解决方案2】：

当你想使用相同的随机数时，你需要设置随机数种子。例如，

##For some positive number
R> set.seed(1)
R> runif(1)
[1] 0.2655
R> set.seed(1)
R> runif(1)
[1] 0.2655

在您的示例中，只需在函数调用之前使用set.seed。

【讨论】：

因此，即使我关闭 R 并且在下次打开 .R 脚本并运行该脚本时不保存我的工作区，它仍然会使用相同的随机数。此外，每次运行 metaMDS 时都会有几次随机重启，因此使用 set.seed 确保函数内的每次随机重启都是相同的？
@Elizabeth：您似乎误以为计算机会生成随机数。这是一位著名数学家（可能是冯·诺依曼）的名言，他说试图为此目的使用计算机的人处于“数字犯罪状态”。