改变 rda anova 中的排列数

Question

我正在尝试使用 anova() 函数测试 rda 模型的整体重要性，但我意识到，如果我多次运行 anova，它不仅每次都会给出不同的 p 值，但它也给出了不同的排列数。

Rfpreds

方差分析（Rfpreds）

所以我想看看使用更多排列是否会得到更一致的结果。我在使用 R 文档方面不是很有经验，但我的理解是我应该能够设置排列数：

anova(Rfpreds, permutations=999)

但这会导致错误：

match.arg(model) 中的错误：'arg' 必须为 NULL 或字符向量

我无法弄清楚我在这里做错了什么，但如果每次运行代码时它都不同，我当然无法报告 p 值。

Answer 1

您可能有一个旧版本的vegan。可能早于 2.2-0。

在 vegan 2.2-0 之前，我们使用了一种惰性策略，一旦我们确定排列 p 值低于临界阈值（通常是 p=0.05)，但在 2.2-0 中，我们始终使用与参数中给出的相同数量的排列。

您有两个选择：(1) 升级 vegan 并使用参数 permutations，或 (2) 将参数 step 和 perm.max 设置为相同的值，给出所需数量的排列。