使用 R 中的 Vegan 包计算完整数据集上的 Gamma 多样性答案

【问题标题】：Calculate Gamma diversity over complete dataset using Vegan package in R使用 R 中的 Vegan 包计算完整数据集上的 Gamma 多样性
【发布时间】：2021-11-17 14:00:38
【问题描述】：

我有一些数据集，我想计算伽玛多样性作为香农 H 指数。

示例数据集：

Site    SpecA   SpecB  SpecC
1       4        0     0
2       3        2     4
3       1        1     1

计算阿尔法多样性如下：

vegan::diversity(df, index = "shannon")

但是，我希望这个 diversity 函数为完整数据集而不是为每一行计算一个数字。我无法解决这个问题。我的想法是我需要编写一个函数将所有列合并为一个并获取每个物种的平均丰度，从而创建一个包含所有物种信息的站点的数据框：

site  SpecA   SpecB  SpecC
1     2.6     1      1.6

对于可以使用某些现有功能完成的事情，这似乎是一个巨大的解决方法，但我不知道如何。我希望有人可以帮助创建此数据框或使用其他方法在整个数据框上使用 diversity() 函数。

问候

【问题讨论】：

标签： r vegan

【解决方案1】：

library(vegan)
data(BCI)
diversity(colSums(BCI)) # vector of sums is all you need
## vegan 2.6-0 in github has 'groups' argument for sampling units
diversity(BCI, groups = rep(1, nrow(BCI))) # one group, same result as above
diversity(BCI, groups = "a") # arg 'groups' recycled: same result as above

【讨论】：

非常感谢！ colSums 是我需要的。谢谢！我还更新了 vegan 包，“groups”参数也很完美。