【问题标题】:R: Combine two functions to aggregate data using data.tableR:结合两个函数使用 data.table 聚合数据
【发布时间】:2014-01-21 18:07:34
【问题描述】:

以下是我正在使用的数据“类型/结构”,它包括 3 个因子变量。

library(data.table)
library(ggplot2)

DT <- data.table(mtcars)
DT[["cyl"]] <- factor(DT[["cyl"]])
DT[["gear"]] <- factor(DT[["gear"]])
DT[["vs"]] <- factor(DT[["vs"]])
DT <- DT[, c("cyl", "gear", "vs"), with=F]
setkey(DT, cyl, gear, vs)

上下文 我一直在使用此函数以交互方式将数据与data.table 聚合在一起,并且工作得很好。 问题是当我尝试将它包含在另一个函数中时。 我没有太多的编程经验,所以任何指导将不胜感激。我想这与环境有关,以及参数是如何传递的,但我真的不知道如何解决它。

grp <- function(x) {
  percentage = as.numeric(table(x)/length(x))
  list(x = levels(x),
       percentage = percentage,
       label = paste( round( as.numeric(table(x)/length(x), 0 ) * 100 ), "%")
  )
}

这将是预期的输出:

DT_agg <- DT[, grp(cyl), by=vs]

问题 第二个函数的想法是采用data.frame/data.table 对象,应用前一个函数,包括使用一个或两个分组变量的选项。 最后的想法是将最后一个对象包含在 ggplot() 调用中,并将分组变量用作构面,从 ggplot() 调用中调用 agg() 函数。

agg <- function(data, x, groupby1, groupby2 = NULL,...){
  data = substitute(data)
  x = substitute(x)
  groupby1 = substitute(groupby1)
  groupby2 = substitute(groupby2)

  if(is.null(groupby2)){
    DT_agg = data[, grp(x), by=groupby1]
  } else {
    DT_agg = data[, grp(x), by=groupby1,groupby2]
  }
  DT_agg
}


agg(data = DT, x = cyl, groupby1 = vs)
Error in unique.default(x, nmax = nmax) : 
  unique() applies only to vectors

在 agstudy 的回答之后编辑

agg <- function(data, x, groupby1, groupby2 = NULL,...){
  data = eval(substitute(data))
  x = substitute(data$x)  # changed this bit (it was producing an error)
  groupby1 = substitute(groupby1)
  groupby2 = substitute(groupby2)
  if(is.null(eval(substitute(groupby2)))) {
    eval(data)[, grp(eval(x)), by=groupby1]
  } else {
    eval(data)[, grp(eval(x)), by=list(eval((groupby1)),eval(groupby2))]
  }
}

由于某种原因,答案中提供的解决方案对我不起作用。 Agstudy 的agg() 提供了一个答案,它运行但输出不是。我尝试了一些更改,但效果不佳。

使用上面定义的 grp() 函数,我得到了正确的结果:

ok = DT[, grp(cyl), by = vs]
print(ok)
#       vs x percentage label
#    1:  1 4 0.71428571   71%
#    2:  1 6 0.28571429   29%
#    3:  1 8 0.00000000    0%
#    4:  0 4 0.05555556    6%
#    5:  0 6 0.16666667   17%
#    6:  0 8 0.77777778   78%

使用 agg() 的 agstudy 版本我知道这是不正确的:

not_ok = agg(DT, cyl, vs)
print(not_ok)
#       groupby1 x percentage label
#    1:        1 4    0.34375   34%
#    2:        1 6    0.21875   22%
#    3:        1 8    0.43750   44%
#    4:        0 4    0.34375   34%
#    5:        0 6    0.21875   22%
#    6:        0 8    0.43750   44%

我想知道该函数如何在它自己(第一种情况)而不是在 agg 函数内部正常工作。

【问题讨论】:

  • 我使用DT[, grp(cyl), by = vs]agg(DT, cyl, vs) 得到“不正常”的版本
  • 我再次尝试了一个新的 R 会话,我得到了与 EDIT 显示的相同的输出。我不明白这怎么可能。也许它与data.table 版本有关?我使用的是 cran 版本,1.8.10。
  • 我使用的是 1.8.11。奇怪。
  • 我将在答案中写下我在 EDIT 中使用的代码。我已经尝试了 1.8.1.1 并且得到了相同的结果。
  • @mnel EDIT 版本与 agstudy 的回答有一些不同。安装 data.table 的开发版后,agstudy 的原始答案完美运行。我在这两种方式都得到了好的版本。我已经用完整的工作代码编写了另一个“答案”,因此更容易找到。

标签: r ggplot2 aggregate data.table


【解决方案1】:

很好的问题!特别适合没有太多编程经验的人。

使用eval 并简化您的功能(无需分配data.table):

agg <- function(data, x, groupby1, groupby2 = NULL,...){
  data = substitute(data)
  x = substitute(x)
  groupby1 = substitute(groupby1)
  groupby2 = substitute(groupby2)
  if(is.null(groupby2)) eval(data)[, grp(eval(x)), by=groupby1]
  else  eval(data)[, grp(eval(x)), 
              by=list(eval((groupby1)),eval(groupby2))]

}

测试它:

agg(data = DT, x = cyl, groupby1 = vs,groupby2 =  gear )
##     groupby1 groupby2 x percentage label
##  1:        1        3 4     0.3333  33 %
##  2:        1        3 6     0.6667  67 %
##  3:        1        3 8     0.0000   0 %
##  4:        1        4 4     0.8000  80 %
##  5:        1        4 6     0.2000  20 %
##  6:        1        4 8     0.0000   0 %
##  7:        0        5 4     0.2500  25 %
##  8:        0        5 6     0.2500  25 %
##  9:        0        5 8     0.5000  50 %
## 10:        1        5 4     1.0000 100 %
## 11:        1        5 6     0.0000   0 %
## 12:        1        5 8     0.0000   0 %
## 13:        0        4 4     0.0000   0 %
## 14:        0        4 6     1.0000 100 %
## 15:        0        4 8     0.0000   0 %
## 16:        0        3 4     0.0000   0 %
## 17:        0        3 6     0.0000   0 %
## 18:        0        3 8     1.0000 100 %

【讨论】:

  • 太棒了!感谢@agstudy 的回答!这确实有助于理解这个概念。虽然我收到了一个错误:Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'cyl' not found Called from: (function () { .rs.breakOnError(TRUE) })() 以前的版本是这样称呼它的,agg(DT, DT$cyl, vs) 但它会是第二个选项的理想选择。
  • @MartínBel 我只是在新的会话中再次测试它,它对我来说很好。如果您仍然收到错误,请暂时取消选中答案,等待 data.table 专家的更好尝试。
  • 我已经用你的回答编辑了我的问题。由于某种原因,它对我不起作用。
  • 我已经安装了开发版,功能和你写的完全一样!
  • @MartínBel 我忘了!我有1.8.11 version
【解决方案2】:

我相信这适用于 1.8.11 版本。开发版本中可能发生了一些变化。

library(data.table)
library(ggplot2)

DT <- data.table(mtcars)
DT[["cyl"]] <- factor(DT[["cyl"]])
DT[["gear"]] <- factor(DT[["gear"]])
DT[["vs"]] <- factor(DT[["vs"]])
DT <- DT[, c("cyl", "gear", "vs"), with=F]
setkey(DT, cyl, gear, vs)

grp <- function(x) {
  percentage = as.numeric(table(x)/length(x))
  list(x = levels(x),
       percentage = percentage,
       label = paste( round( as.numeric(table(x)/length(x), 0 ) * 100 ), "%")
  )
}

agg <- function(data, x, groupby1, groupby2 = NULL,...){
  data = substitute(data)
  x = substitute(x)
  groupby1 = substitute(groupby1)
  groupby2 = substitute(groupby2)
  if(is.null(groupby2)) eval(data)[, grp(eval(x)), by=groupby1]
  else  eval(data)[, grp(eval(x)), 
                   by=list(eval((groupby1)),eval(groupby2))]

}

ok = DT[, grp(cyl), by = vs]
print(ok)


ok2 = agg(DT, cyl, vs)
print(ok2)

【讨论】:

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