R：通过 rbindlist + cmd 读取许多压缩文件答案

【问题标题】：R: fread many zipped files via rbindlist + cmdR：通过 rbindlist + cmd 读取许多压缩文件
【发布时间】：2021-02-10 05:47:04
【问题描述】：

我正在尝试通过 rbindlist 将多个压缩文件读入一个数据表。在旧版本的 data.table() 中，这有效，并且仍然有效，但是现在它对每个文件都给出以下警告。

data.table::rbindlist(lapply(paste0("unzip -p ",filelist), data.table::fread,fill=T),idcol=T)

将 input= 作为系统命令 ('unzip -p ****') 并在传递给 input= 的表达式中使用了一个变量。请使用 fread(cmd=...)。如果您正在创建应用程序，则存在安全问题，并且该应用程序可能有恶意用户，并且该应用程序未在安全环境中运行；例如该应用程序以 root 身份运行。请阅读 v1.11.6 的 NEWS 文件中的第 5 项，了解更多信息以及隐藏此消息的选项。

我了解其中的风险并希望隐藏这些消息。我看到了两种方法：1）打开一个标志来抑制 - 但我在手册中找不到选项； 2）将文件名明确指定为 fread cmd= 。但是我不确定如何在此处有效地循环列表。

抱歉，该示例不可重现，但思路应该很清楚 - 有什么建议吗？谢谢！

【问题讨论】：

为什么不简单地data.table::rbindlist(lapply(paste0("unzip -p ", filelist), function(x) data.table::fread(cmd = x, fill=T)), idcol=T)
这正是我想要的！谢谢！！
@polkas 请将您的评论作为 anwser 发表

标签： r cmd data.table lapply unzip

【解决方案1】：

调用它的正确方法是使用：

data.table::rbindlist(lapply(paste0("unzip -p ", filelist),
                             function(x) data.table::fread(cmd = x, fill=TRUE)), 
                      idcol=TRUE)

【讨论】：