查找区间集之间的重叠/有效的重叠连接

Question

概述：

我需要加入两个表：

ref 包含时间间隔（从t1 到t2）以及每个时间间隔的id 和发生此时间间隔的space。

map 包含时间间隔（t1 到 t2），每个时间间隔都有一个结果 res 及其对应的 space。

我希望获得/加入 map 的所有区间（及其分数），这些区间属于 ref 到 ref 的区间内。

示例：

ref <- data.table(space=rep('nI',3),t1=c(100,300,500),t2=c(150,400,600),id=letters[1:3])

map <- data.table(space=rep('nI',241),t1=seq(0,1200,by=5),t2=seq(5,1205,by=5),res=rnorm(241))

它们看起来像：

> ref
space  t1  t2 id
1:    nI 100 150  a
2:    nI 300 400  b
3:    nI 500 600  c

> map
space   t1   t2        res
1:    nI    0    5 -0.7082922
2:    nI    5   10  1.8251041
3:    nI   10   15  0.2076552
4:    nI   15   20  0.8047347
5:    nI   20   25  2.3388920
---                           
237:    nI 1180 1185  1.0229284
238:    nI 1185 1190 -0.3657815
239:    nI 1190 1195  0.3013489
240:    nI 1195 1200  1.2947271
241:    nI 1200 1205 -1.5050221

（更新）解决方案

• ?data.table::foverlaps 是这里的关键。

我需要加入"within" 发生的所有map 间隔ref 的间隔，我对与此键不匹配的间隔不感兴趣，所以使用nomatch=0L。

setkey(ref,space,t1,t2)

foverlaps(map,ref,type="within",nomatch=0L)

给出：

space  t1  t2 id i.t1 i.t2         res
1:    nI 100 150  a  100  105 -0.85202726
2:    nI 100 150  a  105  110  0.79748876
3:    nI 100 150  a  110  115  1.49894097
4:    nI 100 150  a  115  120  0.47719957
5:    nI 100 150  a  120  125 -0.95767896
6:    nI 100 150  a  125  130 -0.51054673
7:    nI 100 150  a  130  135 -0.08478700
8:    nI 100 150  a  135  140 -0.69526566
9:    nI 100 150  a  140  145  2.14917623
10:    nI 100 150  a  145  150 -0.05348163
11:    nI 300 400  b  300  305  0.28834548
12:    nI 300 400  b  305  310  0.32449616
13:    nI 300 400  b  310  315  1.16107248
14:    nI 300 400  b  315  320  1.08550676
15:    nI 300 400  b  320  325  0.84640788
16:    nI 300 400  b  325  330 -2.15485447
17:    nI 300 400  b  330  335  1.59115714
18:    nI 300 400  b  335  340 -0.57588128
19:    nI 300 400  b  340  345  0.23957563
20:    nI 300 400  b  345  350 -0.60824259
21:    nI 300 400  b  350  355 -0.84828189
22:    nI 300 400  b  355  360 -0.43528701
23:    nI 300 400  b  360  365 -0.80026281
24:    nI 300 400  b  365  370 -0.62914234
25:    nI 300 400  b  370  375 -0.83485164
26:    nI 300 400  b  375  380  1.46922713
27:    nI 300 400  b  380  385 -0.53965310
28:    nI 300 400  b  385  390  0.98728765
29:    nI 300 400  b  390  395 -0.66328893
30:    nI 300 400  b  395  400 -0.08182384
31:    nI 500 600  c  500  505  0.72566100
32:    nI 500 600  c  505  510  2.27878366
33:    nI 500 600  c  510  515  0.72974139
34:    nI 500 600  c  515  520 -0.35358019
35:    nI 500 600  c  520  525 -1.20697646
36:    nI 500 600  c  525  530 -0.01719057
37:    nI 500 600  c  530  535  0.06686472
38:    nI 500 600  c  535  540 -0.40866088
39:    nI 500 600  c  540  545 -1.02697573
40:    nI 500 600  c  545  550  2.19822065
41:    nI 500 600  c  550  555  0.57075648
42:    nI 500 600  c  555  560 -0.52009726
43:    nI 500 600  c  560  565 -1.82999177
44:    nI 500 600  c  565  570  2.53776578
45:    nI 500 600  c  570  575  0.85626293
46:    nI 500 600  c  575  580 -0.34245708
47:    nI 500 600  c  580  585  1.21679869
48:    nI 500 600  c  585  590  1.87587020
49:    nI 500 600  c  590  595 -0.23325264
50:    nI 500 600  c  595  600  0.18845022
space  t1  t2 id i.t1 i.t2         res

Answer 1

哈，好时机:)。就在几天前，实现了重叠连接（或间隔连接）。 data.table 中的函数是foverlaps()，可从github project page 获得。请务必查看?foverlaps。

setkey(ref, space, t1, t2)
foverlaps(map, ref, type="within", nomatch=0L)

我想这就是你所追求的。这将导致仅在有匹配项的地方产生连接结果，并且它将检查 ref 和 map 在 space 标识符内的 t1,t2 重叠。如果您不希望这样，只需删除 @ 987654329@ 来自键列。如果您想要所有匹配项，请删除 nomatch=0L - 默认为 nomatch=NA，它会返回所有匹配项。

该功能是新功能（但已经过严格测试），因此功能不完整。如果您有任何改进建议或遇到任何问题，请随时提出问题。