【发布时间】：2012-06-23 20:39:32
【问题描述】：
我正在尝试使用 lme4 包中的 lmList 计算具有通用模型的组的置信区间。它适用于正常的线性模型，但当因变量是二分法时会失败。例如，这很好用：
d <- data.frame(
g = sample(c("A","B","C","D","E"), 250, replace=TRUE),
y1 = runif(250, max=100),
y2 = sample(c(0,1), 250, replace=TRUE)
)
library(lme4)
fm1 <- lmList(y1 ~ 1 | g, data=d)
我可以使用coef(fm1) 提取系数，使用confint(fm1) 提取系数的置信区间。然后我运行一个具有二分结果的模型：
fm2 <- lmList(y2 ~ 1 | g, data=d, family=binomial)
我仍然可以使用coef(fm2) 获取系数，但是当我尝试获取置信区间时，我收到错误：
> confint(fm2)
Waiting for profiling to be done...
Waiting for profiling to be done...
Error in val[, , i] <- eval(mCall) : incorrect number of subscripts
我最初打算将此发布到 stats.stackexchange，因为我认为这可能是我对 GLM 置信区间的不了解，但后来我发现我仍然可以使用
by(d, d$g, function(x) confint(glm(y2 ~ 1, data=x, family=binomial)))
有没有办法使用lmList 来做到这一点？
> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-mingw32/x64 (64-bit)
locale:
[1] LC_COLLATE=German_Germany.1252 LC_CTYPE=German_Germany.1252
[3] LC_MONETARY=German_Germany.1252 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=German_Germany.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] lme4_0.999375-42 Matrix_1.0-6 lattice_0.20-6
loaded via a namespace (and not attached):
[1] grid_2.15.0 MASS_7.3-17 nlme_3.1-103 stats4_2.15.0 tools_2.15.0
【问题讨论】：
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我认为这是 lmList 的 "!missing(family)" 分支中的错误，或者是由 confint.lmList 处理的错误。请注意，当您尝试“family=gaussian”时，它也会在confint 中产生错误。在这种情况下使用 by() 或 ddply 没有任何问题。
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啊哈，好的。不错的收获。那么我将使用
by()方法。感谢您的评论。 -
@BenBolker 我们应该就这个小问题提交错误报告，还是让道格拉斯专注于更重要的事情？