【问题标题】:Error installing R 2.13.0 packages (caret) on Ubuntu 10.04在 Ubuntu 10.04 上安装 R 2.13.0 包(插入符号)时出错
【发布时间】:2011-09-22 08:07:15
【问题描述】:

我按照http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ 的说明通过 CRAN 存储库安装了 R。过去,我能够在其他几个相同的 Ubuntu 10.04 系统上很好地安装插入符号,但今天 install.packages('caret', dependencies=c('Depends','Suggests')) 导致以下错误(只是一个示例)。有什么提示吗?

... ** 测试是否可以加载已安装的包 * 完成(动态) 错误:依赖项“reshape”、“plyr”、“digest”不适用于包“ggplot2” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/ggplot2’ 错误:依赖项“digest”、“stringr”、“mutatr”、“evaluate”不适用于包“testthat” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/testthat’ * 安装 *source* 包 ‘ROCR’ ... ** R ... ** 测试是否可以加载已安装的包 * 完成(ROCR) 错误:依赖项“plyr”、“stringr”不适用于包“reshape2” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/reshape2’ * 安装 *source* 包 ‘party’ ... ** 库 ... ** 测试是否可以加载已安装的包 * 完成(派对) 错误:依赖项“reshape”、“plyr”不适用于包“caret” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/caret’ * 安装 *source* 包 ‘rocc’ ... ** R ... * 完成(rocc) 错误:依赖项“reshape2”不适用于包“Cubist” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/Cubist’ 下载的包在 '/tmp/Rtmp2TsElZ/downloaded_pa​​ckages' 有 20 个警告(使用 warnings() 来查看) > 警告() 警告信息: 1:在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“Rmpi”的安装具有非零退出状态 2:在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“rpvm”的安装具有非零退出状态 3:在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“rsprng”的安装具有非零退出状态 4:在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“XML”的退出状态非零 5:在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“RODBC”的退出状态非零 6:在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“rgl”的安装具有非零退出状态 7: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“RWeka”的安装具有非零退出状态 8: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“shapes”的退出状态非零 9: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“rgeos”的退出状态非零 10: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“rgdal”的安装具有非零退出状态 11: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“plyr”的退出状态非零 12: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“stringr”的退出状态非零 13: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“latentnet”的安装具有非零退出状态 14: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“reshape”的安装具有非零退出状态 15: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“statnet”的退出状态非零 16: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“ggplot2”的退出状态非零 17: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“testthat”的退出状态非零 18: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 软件包“reshape2”的安装具有非零退出状态 19: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“caret”的退出状态非零 20: 在 install.packages("caret", dependencies = c("Depends", ... : 安装包“Cubist”的退出状态非零 > 图书馆(插入符号) 库中的错误(插入符号):没有名为“插入符号”的包 > 会话信息() R 版本 2.13.0 (2011-04-13) 平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位) 语言环境: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C [3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 [5] LC_MONETARY=C LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C 附加的基础包: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base 通过命名空间加载(未附加): [1] 工具_2.13.0 > install.packages('caret', dependencies=c('Depends','Suggests')) # 再次运行 ... 错误:依赖项“digest”、“stringr”、“mutatr”、“evaluate”不适用于包“testthat” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/testthat’ 错误:依赖项“itertools”不适用于包“plyr” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/plyr’ 错误:依赖项“RWekajars”、“rJava”不适用于包“RWeka” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/RWeka’ 错误:依赖项“plyr”、“stringr”不适用于包“reshape2” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/reshape2’ 错误:依赖项“plyr”不适用于包“reshape” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/reshape’ 错误:依赖项“reshape2”不适用于包“Cubist” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/Cubist’ 错误:依赖项“reshape”、“plyr”不适用于包“caret” * 删除‘/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/caret’ ...

【问题讨论】:

  • 这不是一个真正的编程问题。它更适合超级用户。

标签: r ubuntu cran


【解决方案1】:

您的 Ubuntu 机器上是否有正确的开发包集?我将开始整理失败的软件包列表,并尝试使用install.packages() 一个一个地安装它们。我知道其中一些失败的包需要大量的开发头文件来编译 R 包。

如果您一次执行这些操作,您将开始了解软件包失败的原因。我使用 Fedora,但对于 rgdal,例如,从我的发行版的包管理器中安装了 gdal-develproj-develproj-epsgproj-nad,以便编译该 R 包。对于 XML 我需要安装 libxml2-devel 等。如果您逐步检查失败的 R 包,应该很明显缺少哪些标头,您可以使用包管理器查找哪个 Ubuntu 包(debs) 您需要安装才能获取这些标头。

【讨论】:

  • 不必安装任何开发包,但您的“一次一个”提示有效 - 奇怪/令人沮丧的是,返回并安装 R 神奇地一一抱怨的依赖项让R开心。呃。
  • R 2.14.0 又遇到了同样的问题。谷歌搜索并在这里找到了我自己的问题(并回答评论)。很高兴我发布了这个。
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