在另一个 EC2 实例上安装后 R 的意外行为答案

【问题标题】：Unexpected behavior of R after install on another EC2 instance在另一个 EC2 实例上安装后 R 的意外行为
【发布时间】：2014-06-14 23:18:38
【问题描述】：

我连续第二天在一个完全不眠的夜晚与这个问题作斗争，我真的开始失去耐心和力量。这一切都是在我决定预置另一个（付费）AWS EC2 实例以测试我的 R 代码以进行论文数据分析之后开始的。以前我使用单个免费层 t1.micro 实例，这非常慢，尤其是在测试/运行特定代码时。时间比亚马逊收取的合理的每小时美分更有价值。

因此，我配置了一个 m3.large 实例，我希望它应该有足够的能力来轻松快速地处理我的数据。在 EC2 特定设置（包括选择 Ubuntu 14.04 LTS 作为操作系统和一些安全设置）之后，我按照sudo apt-get install r-base r-base-dev 的说明以ubuntu 用户的身份安装了 R 和 RStudio Server。我还创建了ruser 作为运行 R 会话的特殊用户。基本上，与较小实例上的过程相同。

目前的情况是，我在 R 会话命令行中发出的任何命令都会产生如下消息：Error: could not find function "sessionInfo"。唯一有效的函数是q()。我怀疑这里存在权限问题，但是，我不确定如何在 R 环境中调查与权限相关的问题。考虑到我遵循了 R Project 和 RStudio 来源的建议，我也很好奇导致这种情况的原因是什么。

【问题讨论】：

标签： r ubuntu amazon-ec2 permissions environment

【解决方案1】：

我能够查明我认为导致所有这些恐怖的地方 - 它只是一个小配置文件 "/etc/R/Rprofile.site"，我之前已使用从 StackOverflow 上的 R 专家帖子中借用的指令对其进行了更新。删除可疑内容后，我能够成功运行 R 命令。出于好奇和分享这些来之不易的知识，以下是删除的内容：

local({
  # add DISS_FLOSS_PKGS to the default packages, set a CRAN mirror
  DISS_FLOSS_PKGS <- c("RCurl", "digest", "jsonlite",
                       "stringr", "XML", "plyr")
  #old <- getOption("defaultPackages")
  r <- getOption("repos")
  r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
  #options(defaultPackages = c(old, DISS_FLOSS_PKGS), repos = r)
  options(defaultPackages = DISS_FLOSS_PKGS, repos = r)

  #lapply(list(DISS_FLOSS_PKGS), function() library)
  library(RCurl)
  library(digest)
  library(jsonlite)
  library(stringr)
  library(XML)
  library(plyr)
})

对此的任何 cmet 将不胜感激！

【讨论】：