jni.h 文件未找到

Question

我最终尝试在运行 R 3.3.3 和 Java 12 和 Mojave OS 的 Mac 上安装 RJDBC 包。

尝试安装 RDJBC 时出现以下错误：

configure: error: One or more Java configuration variables are not set.
Make sure R is configured with full Java support (including JDK). Run
R CMD javareconf
as root to add Java support to R.

If you don't have root privileges, run
R CMD javareconf -e
to set all Java-related variables and then install rJava.

然后我继续在终端中运行 R CMD javareconf 并收到以下错误：

conftest.c:1:10: fatal error: 'jni.h' file not found

我在网上发现了围绕同一主题的各种问题，并尝试了建议的解决方案，但没有一个对我有用。它可能是我的 OS/Java 版本的组合。有人愿意在这里指导我解决问题吗？

更新：

堆栈跟踪

WARNING: Initial Java 12 release has broken JNI support and does NOT work. Use stable Java 11 (or watch for 12u if avaiable).
ERROR: Java exception occurred during rJava bootstrap - see stderr for Java stack trace.
Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException
    at java.base/jdk.internal.reflect.Reflection.verifyMemberAccess(Reflection.java:130)
    at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.slowVerifyAccess(AccessibleObject.java:673)
    at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.verifyAccess(AccessibleObject.java:666)
    at java.base/java.lang.reflect.AccessibleObject.checkAccess(AccessibleObject.java:638)
    at java.base/java.lang.reflect.Field.checkAccess(Field.java:1075)
    at java.base/java.lang.reflect.Field.get(Field.java:416)
Error in .jcheck(silent = FALSE) : 
  java.lang.NullPointerException.jcall(f, "Ljava/lang/Object;", "get", .jcast(ic, "java/lang/Object"))new("jobjRef", jobj = <pointer: 0x7fd4a04ac4b8>, jclass = "java/lang/NullPointerException")

有趣的是，当我通过终端运行 R 时，它似乎可以工作，但在 Rstudio 中却不行。

Answer 1

这需要一些调整。一般来说，当 R、Java 和 rJava 应该一起工作时，它们的设置并不容易。请务必通过：http://www.owsiak.org/r-java-11-and-making-sure-you-can-load-rjava/

请注意，由于 Java 12 的更改，不再可能通过反射动态影响共享库的位置 - 这会影响 rJava。我很确定你不会得到 rJava 和任何其他基于 JNI 的代码，它们在 R 中与 Java 12 一起正常工作。

配置好 R 后，它将按预期工作

> R

R version 3.6.1 (2019-07-05) -- "Action of the Toes"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)

...
...

> install.packages("RJDBC")
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
...

> library(RJDBC)
Loading required package: DBI
>

更新

对于Java 12，请尝试关注。在~/.profile 内添加以下行

export JAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home -v 12)

然后，运行

> sudo R CMD javareconf \
JAVA_HOME=${JAVA_HOME} \
JAVA=${JAVA_HOME}/bin/java \
JAVAC=${JAVA_HOME}/bin/javac \
JAVAH=${JAVA_HOME}/bin/javah \
JAR=${JAVA_HOME}/bin/jar

还有，在R

> system("java -version")
java version "12.0.1" 2019-04-16
Java(TM) SE Runtime Environment (build 12.0.1+12)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 12.0.1+12, mixed mode, sharing)
> library(RJDBC)
Loading required package: DBI
Loading required package: rJava
>

当然，您仍然需要 XCode.app，因为它包含 JNI 的标头。

更新

为了确保所有应用都获得Java 11 而不是Java 12（不仅基于CLI），您可以按照以下方式“禁用”Java 12。

cd /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-12.0.1.jdk/Contents
sudo mv Info.plist Info.plist~

从现在开始，即使您没有删除Java 12，RStudio 也会选择正确的版本。