R CMD 检查抱怨 man 中的意外文件答案

【问题标题】：R CMD check complains about unexpected files in manR CMD 检查抱怨 man 中的意外文件
【发布时间】：2010-12-25 04:41:06
【问题描述】：

这听起来像是一个愚蠢的问题：我将我的 R 代码放入一个包中，R CMD check src 抱怨 Emacs 生成的 .Rd~ 备份文件。

* checking package subdirectories ... WARNING
Subdirectory 'man' contains invalid file names:
  read.PI.Rd~ write.PI.Rd~

文档说： »此外，默认情况下，排除了基本名称 [...] 以“~”、“.bak”或“.swp”结尾的 [...] 文件 [...]。 «（第 18 页）。但是为什么会出现警告呢？

【问题讨论】：

标签： emacs r software-distribution

【解决方案1】：

只需添加一个文件cleanup 即可将它们从您的顶级目录中删除。此外，您可以先通过R CMD build 构建一个tarball 或zip 存档，然后通过R CMD check 检查此存档——这也应该跳过这些文件。

另外，你到底是怎么打电话给R CMD check的，你的目录布局是什么？在 Linux 上使用 R 2.10.0，我只为我的一个包运行了 touch pkg/man/foo.Rd~ 和 R CMD check pkg（其中 pkg 是存储在 R-Forge 上的源项目常见的顶级目录）没有发出您所看到的此警告。 cleanup 没有删除该文件，因为该文件目前仅在 src 中清除。

【讨论】：

首先构建 tar.gz 然后检查它确实避免了警告。但是随后：cleanup 在R CMD check 期间没有被调用，我也不想删除这些备份文件，我很高兴check 像build 一样忽略它们。你是在告诉我我没有这个选项？
不确定。您最好的选择可能是查看 $RHOME/bin 中“检查”的源代码。从非常随意的外观来看，它确实对“~”进行了一些测试。正如我所说：这个问题不会咬我，所以我不太确定a）为什么它会咬你，b）你将如何解决它。因此我的后续问题。
很抱歉：我用--check-subdirs=yes 打电话给它。删除该选项会删除警告。
不用担心——这些事情都会发生，而 R 有无数的子命令。恭喜你做了正确的事：将你的代码组织成包。绝对值得付出努力。