将 PNG 对象添加到熊猫数据框答案

【问题标题】：Add PNG object to a pandas dataframe将 PNG 对象添加到熊猫数据框
【发布时间】：2023-02-15 19:43:16
【问题描述】：

我试图将 PNG 对象添加到 pandas 数据框中，但它根本不起作用：

!pip install rdkit-pypi
import pandas as pd
import numpy as np
import rdkit
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit import DataStructs
from rdkit.Chem import PandasTools
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

smiles_list = ['N[C@H](C(=O)O)C']
mol_list = []
for smiles in smiles_list:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
    mol_list.append(mol)
    img =Draw.MolsToGridImage(mol_list, molsPerRow = 4)


glycine = mol_list[0]

figure_list = []

bi = {}
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(glycine, 2, nBits = 1024, bitInfo = bi)
fp_arr = np.zeros((1,))
DataStructs.ConvertToNumpyArray(fp, fp_arr)
np.nonzero(fp_arr)
list(fp.GetOnBits())

prints = [(glycine, x, bi) for x in fp.GetOnBits()]
figure = Draw.DrawMorganBits(prints, molsPerRow = 4, legends = [str(x) for x in fp.GetOnBits()])
figure_list.append(figure)

df = pd.DataFrame({'smiles': smiles_list[0]}, index = [0])
PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(df,'smiles','Molecule')
df['Fragments'] = figure_list
df

它没有在 pandas 数据框中显示 PNG 图像，而是显示消息“<PIL.PngImagePlugin.PngImageFile image mode=RG...”。我希望将 PNG 对象添加到 pandas 数据框中。我在 googlle colab 中使用了以下配置：

RDKit版本：2022.03.5 操作系统：视窗 Python版本：Python 3.7.15 你在使用康达吗？不如果您使用的是 conda，您是从哪个渠道安装 rdkit 的？没有申请如果您不使用 conda：您是如何安装 RDKit 的？ !pip 安装 rdkit-pypi

【问题讨论】：

标签： python-3.x pandas dataframe png rdkit

【解决方案1】：

这看起来过于复杂。看一下这个： https://github.com/rdkit/rdkit/issues/5017

【讨论】：