用 python/simpleITK 剥离头骨答案

【问题标题】：Skull stripping with python/simpleITK用 python/simpleITK 剥离头骨
【发布时间】：2023-02-14 20:29:44
【问题描述】：

我正在尝试在 python 中使用 simpleITK 执行头骨剥离。我正在使用 StripTsImageFilter 函数，如下所示：

#upload data
# Path of nii img
path = r'C:\Users\Kate\Jupyter\DataThesis\PROGRESSION\0003\fet.nii.gz'

# Read the .nii image with SimpleITK:
img = sitk.ReadImage(path)

#read atlas and atlasmap
#Obtained from 3DSlicer documentation: https://www.slicer.org/wiki/Documentation/Nightly/Modules/SwissSkullStripper

atlas = sitk.ReadImage(r'C:\Users\Kate\Jupyter\thesis\atlasImage.mha')
atlasMask = sitk.ReadImage(r'C:\Users\Kate\Jupyter\thesis\atlasMask.mha')

#Skull stripping 
#https://www.istb.unibe.ch/e43946/e43949/e158631/e187931/pane187932/e187939/files187941/article_eng.pdf

brainMask = sitk.StripTsImageFilter(img, atlas, atlasMask)

我收到错误“AttributeError：模块‘SimpleITK’没有属性‘StripTsImageFilter’” 我已经尝试实施 img.StripTsImageFilter 并尝试使用 sitk.SkullStrip.StripTsFilter 。

有谁知道如何解决这个问题？

【问题讨论】：

标签： python simpleitk

【解决方案1】：

StripTsImageFilter 是 ITK 的“远程”模块。所以它没有被 SimpleITK 包装，甚至没有在 ITK 中默认构建。

要在 Python 中访问它，您将不得不使用 ITK 的 Python 包装，并且您将不得不自己构建 ITK-Python，因为它不在 PyPi 上的预构建 ITK-Python 中。

【讨论】：

你好！感谢您的评论，您会推荐另一个我可以直接与 Python 一起使用的头骨剥离模块吗？
我不知道，但是谷歌搜索“python skull stripping”在第一页上产生了一些有希望的结果。
是的，我只是想知道是否有一个通常或多或少被接受的。我最终选择了 deepbrain，谢谢 :)

【解决方案2】：

正如 Dave 指出的那样，默认情况下，StripTsImageFilter 包含在 SimpleITK（或“原始”ITK）中。您可以像这样从 PyPi 安装远程模块：

pip install itk-skullstripping

更多信息请点击这里： https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITKSkullStrip

将 itk 转换为 sitk 并返回这里解释：https://discourse.itk.org/t/in-python-how-to-convert-between-simpleitk-and-itk-images/1922

【讨论】：

【解决方案3】：

有没有使用我们下载的模块的例子？我什至无法导入。如果您能提供一个简短的示例或将我带到可以找到示例的地方，我将不胜感激。因为我找不到任何来源。

【讨论】：