尝试使用固定效果|随机效果组合运行 GLMM 模型时收到错误消息，答案

【问题标题】：I am getting error messages when trying to run GLMM models with a Fixed effect|random effect combination,尝试使用固定效果|随机效果组合运行 GLMM 模型时收到错误消息，
【发布时间】：2023-02-03 10:08:59
【问题描述】：

这是我正在使用的确实运行的代码（尽管有警告消息）

Q1glmm4<-lmer(Stock.Head ~ GDP + (Year|Area), data=STOCK.VS.GDP.GLMM)

但是当我尝试运行 GDP|Area 的随机效果时，它不会单独运行

Q1glmm2 <- lmer(Stock.Head ~ GDP +(GDP|Area), data=STOCK.VS.GDP.GLMM)

这是错误信息...

警告信息：一些预测变量的尺度非常不同：考虑重新尺度
summary(Q1glmm2)
vcov.merMod(object, use.hessian = use.hessian) 错误：试图从没有插槽的基本类（“矩阵”）的对象中获取插槽“因素” 另外：警告信息：在 vcov.merMod(object, use.hessian = use.hessian) 中：计算方差-协方差矩阵问题：不是正定矩阵；返回 NA 矩阵

或者 2.作为我想要到达的理想位置的整个模型..具有1个固定效果和2个随机效果作为..
Q1glmm3<-lmer(Stock.Head ~ GDP +(GDP|Area) + (Year|Area),   data=STOCK.VS.GDP.GLMM)
警告信息：一些预测变量的尺度非常不同：考虑重新尺度
summary(Q1glmm3)
vcov.merMod(object, use.hessian = use.hessian) 错误：试图从没有插槽的基本类（“矩阵”）的对象中获取插槽“因素” 另外：警告信息：在 vcov.merMod(object, use.hessian = use.hessian) 中：计算方差-协方差矩阵问题：不是正定矩阵；返回 NA 矩阵

如果有人知道这些错误消息的任何信息以及我该如何解决它们，我将不胜感激？

当我运行这个模型时，它是固定效果和 (Year|Area) 的随机效果，它会起作用。这就是我试图用另一个随机效果实现的，最终是 1 x 固定效果和 2 x随机效应..

模型 4 - 股票 ~ GDP +（年|地区）
Q1glmm4<-lmer(Stock.Head ~ GDP  + (Year|Area), data=STOCK.VS.GDP.GLMM)
警告信息： 1：一些预测变量的尺度非常不同：考虑重新尺度 2: 在 checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : 无法评估缩放梯度 3: 在 checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : 模型无法收敛：具有 1 个负特征值的退化 Hessian
summary(Q1glmm4)

Linear mixed model fit by REML ['lmerMod']
Formula: Stock.Head ~ GDP + (Year | Area)
  Data: STOCK.VS.GDP.GLMM

REML criterion at convergence: 64939.7

Scaled residuals: 
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-7.8111 -0.0576 -0.0008  0.0429 12.4436 

Random effects:
 Groups   Name        Variance  Std.Dev. Corr
 Area     (Intercept) 1.231e+12 1109416      
      Year        1.374e+08   11720  0.47
 Residual             8.450e+11  919229      
Number of obs: 2087, groups:  Area, 191

Fixed effects:
          Estimate Std. Error t value
(Intercept)  6.105e+06  1.732e+06   3.524
GDP         -3.334e-07  6.242e-08  -5.342

Correlation of Fixed Effects:
(Intr)
GDP 0.000 
适合警告：

一些预测变量的尺度非常不同：考虑重新尺度优化器（nloptwrap）收敛代码：0（OK）无法评估缩放梯度模型无法收敛：具有 1 个负特征值的退化 Hessian

【问题讨论】：

问候！通常，在这里为问题提供一个最小可重现的数据集是很有帮助的，这样人们就可以解决您的问题（而不是表格或屏幕截图等）。一种方法是对数据或您正在使用的数据子集使用 dput 函数，然后将输出粘贴到您的问题中。你可以在这里找到如何使用它：youtu.be/3EID3P1oisg

标签： r lme4 glmm

【解决方案1】：

如果没有更多信息，很难确切地知道这里发生了什么，但作为一个开始：

您收到的第一个警告（“一些预测变量的尺度非常不同”）出现是因为您的截距比您相对于 GDP 的斜率大 13 个数量级（6e6 与 -3e-7）。如果您将 GDP 变量居中并按比例缩放，这很可能会消失（参见 Schielzeth生态学与进化方法2010 很好地介绍了缩放和居中的意义和重要性）。缩放和居中也可能使其他问题消失。

我从来没有从summary()看到你的错误：我很想看到一个可重现的例子！

【讨论】：