统计每一列的非零元素个数答案

【问题标题】：Count the number of non-zero elements of each column统计每一列的非零元素个数
【发布时间】：2023-01-18 19:24:03
【问题描述】：

R 非常新，我有一个 .rda 文件，其中包含基因 ID 矩阵和 96 列中每个 ID 的计数。它看起来像这样：

我想单独计算每列中非零项的数量。我一直在循环中尝试 sum() 函数，但也许我不理解 R 中的循环语法。感谢任何帮助。谢谢！

森林

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

关于什么：

apply(your.matrix, 2, function(c)sum(c!=0))

这有帮助吗？

编辑：

更好的是：

colSums(your.matrix != 0)

编辑 2：

我们开始吧，给你举个例子：

> example = matrix(sample(c(0,0,0,100),size=70,replace=T),ncol=7)
> example
      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
 [1,]    0  100    0    0  100    0  100
 [2,]  100    0    0    0    0    0  100
 [3,]    0    0    0    0    0    0  100
 [4,]    0  100    0    0    0    0    0
 [5,]    0    0  100  100    0    0    0
 [6,]    0    0    0  100    0    0    0
 [7,]    0  100  100    0    0    0    0
 [8,]  100    0    0    0    0    0    0
 [9,]  100  100    0    0  100    0    0
[10,]    0    0    0    0    0  100    0
> colSums(example != 0)
[1] 3 4 2 2 2 1 3

（新示例，前面带有“1”值的示例不适合表明我们正在对数字细胞，而不是他们的内容)

【讨论】：

有点......这看起来像是给了我每列所有计数的总和。有没有办法修改它，以便我获得每列非零元素的数量？那么，如果每列有 1000 行并且给定列有 72 个非零行，那么该列的计数是 72？谢谢。
我相信你错了：这段代码给了你确切地你想要什么......我正在添加一个例子来说服你:)
这应该工作。 c!=0 是 TRUE 或 FALSE 的向量，它被 sum(...) 强制为 1 或 0。因此，只要 c!=0，您就将 1 加起来，这给出了非零元素的计数。
我在包含所有数值的数据框中使用它，但它为每一列返回“NA”。我尝试了 df = colSums(df > 0) 的变体来达到同样的效果。你能建议一下吗？
@FingerPickingGood 您可能会遇到此错误，因为您在每一列中都有 NA 值。尝试添加参数na.rm=TRUE，例如：colSums(df != 0, na.rm=T)

【解决方案2】：

x 是列或向量；

length(which(x != 0))

【讨论】：

【解决方案3】：

另一种使用plyr的numcolwise的方法：

library(plyr)

dat <- data.frame(a = sample(1:25, 25),
                  b = rep(0, 25),
                  c = sample(1:25, 25))
nonzero <- function(x) sum(x != 0)
numcolwise(nonzero)(dat)
   a b  c
1 25 0 25

【讨论】：

【解决方案4】：

有一种方法可以计算具有零的列数。这个使用dplyr。

首先，data.frame 操作模式需要是 rowwise() 然后，列必须是 c_across() 的子集，它返回一个向量，可以在任何接受向量的函数中使用。最后，使用mutate() 将值分配给新列。

library(dplyr)

df <- data.frame(a = sample(0:10, 100, replace = T),
                 b = sample(0:10, 100, replace = T),
                 c = sample(0:10, 100, replace = T))

df %>%
rowwise() %>%
mutate(`N_zeros` = sum(c_across(everything()) == 0))

这个想法也可以修改为任何其他操作，这些操作将采用所有列或列的子集进行逐行操作。

有关详细信息，请参阅 documentation 或 c_across()。使用 dplyr 版本 1.0.6 进行测试。

【讨论】：